El Torneo Clausura 1999 (llamado Copa CLIMA)[1]​ fue el segundo torneo corto desde la creación del formato de un campeonato Apertura y Clausura, que se juega en la Primera División de El Salvador.

Luis Ángel Firpo se proclamó campeón por sexta vez en su historia, y primera ocasión en este tipo de competencia.

[2]​ El torneo clausura se desarrolla de la misma forma que el torneo de temporada anterior, en dos fases: Durante la fase de clasificación, los diez equipos se enfrentan a los otros nueve equipos dos veces según un calendario elaborado al azar.

Los cuatro mejores equipos se clasifican para las semifinales, mientras que el último desciende a la Segunda División .

B. Cubías Iraheta R. Cuéllar Jorge Wagner F. Gonzalez M. Alfaro C. Borja C. Rodríguez N. De Mello R. Toro