Cuenta con treinta y siete temporadas en la máxima categoría del fútbol salvadoreño en la que ocupa el 7.º puesto en su clasificación histórica.
Para la temporada 1974-75, Municipal Limeño participó en una liguilla para definir al descendido, el grupo lo conformó L.A.
Tras una desastrosa temporada 1975-76, en la que únicamente sumó 22 puntos en 33 partidos, Municipal Limeño consumó su primer descenso en su historia.
[2][3] Con la implantación del formato de Torneos Cortos, el equipo cuchero llegó a disputar las finales de los torneos Apertura 1999, y Apertura 2000, ambas perdidas ante C. D. Águila (0-1 y 2-3, respectivamente).
[10] El Torneo Apertura 2021 marcó el inicio de la debacle cuchera, Bruno Martínez, técnico que inició la temporada dejó el cargo tras no conseguir ninguna victoria en sus primeros seis partidos, su cargo fue ocupado de manera interina por José Romero, con quién los auriazules consiguieron su primera victoria del torneo ante C.D.
Posteriormente llegó Giovanni Trigueros, pero no pudo encontrar la clave para sumar suficientes puntos, Trigueros se fue a falta de una jornada para la finalización del torneo sin poder conocer la victoria con Municipal Limeño y su puesto fue ocupado nuevamente por José Romero, quién sumó una nueva victoria ante C.D.
La batalla por la permanencia se alargó hasta las últimas instancias, siendo la Jornada 21 en la que Municipal Limeño consumó su descenso matemático, la escuadra cuchera sumó 2106 días en el circuito de privilegio en esta nueva etapa fugaz.
1), en la Final del Torneo Apertura 1999 en el Estadio Flor Blanca se enfrentó a los emplumados del Club Deportivo Águila; logrando un merecido y honroso subcampeonato, el primero en su historia (Marcador global C.D.
Un año después de aquella final, clasificó nuevamente a las semifinales del Torneo Apertura 2000 siendo primer lugar de la tabla, en estas instancias derrotó al Atlético Balboa (Marcador global Municipal Limeño 7, Atlético Balboa 1) y se enfrentó nuevamente en la Final del Torneo Apertura 2000 a los migueleños de Club Deportivo Águila, logrando nuevamente el subcampeonato (Marcador global C.D.
[13] En la temporada 2019-2020 logra quedarse con el tercer lugar de la Tabla Acumulada y al declararse desierto el Torneo Clausura 2020, Municipal Limeño se adjudica la tercera plaza de clasificación para Liga CONCACAF, siendo esta su primer participación internacional.