[4]​ El club jugó tres temporadas consecutivas en primera categoría, donde en su temporada debutante 1990/1991 el club finalizó cuarto lugar en el grupo "B" del campeonato, quedando relegado de la siguiente etapa.

Para la temporada 1991/92 quedó eliminado en un playoff por la fase final del campeonato contra el CD Águila al perder 0-1 en un partido de desempate luego de que ambos equipos empataran en con 37 puntos.

[6]​ En el Clausura 2009 Luego de 16 temporadas en Segunda División desciende a la Tercera División de El Salvador,[7]​ retornado a la segunda categoría en el Apertura 2015, cinco años después.

[9]​ Para el Clausura 2023, Fuerte San Francisco tras quedar relegado de obtener el bicampeonato, vence en el juego directo a Club Deportivo Titán y asciende a Primera División del país centroamericano, 30 años después de su única presentación.

El club maneja dos sedes alternativas: En el Estadio Luis Amílcar Moreno desde su creación en 1948, y en ocasiones puntuales hasta el 2021; y el Estadio Correcaminos sede permanente desde 2012, año en el que su rival CD Vista Hermosa desapareció del entorno futbolístico profesional.