Fue fundado en el año 1950 y su sede es la ciudad de La Unión, situada en oriente del país.

Dos años bastaron para que el Balboa se recompusiera y emprendiera el regreso a la categoría máxima.

La falta provocó que no se le programase los juegos desde el 15 de abril de 2011, y, por la inasistencia a dos juegos consecutivos, ocasionó su descenso directo.

[3]​ Sin embargo, el equipo retornó al fútbol profesional salvadoreño tras cumplir con la mayoría de los compromisos económicos.

La Federación Salvadoreña de Fútbol autorizó su inscripción en la Tercera División en el Torneo Apertura 2012.