El Torneo Clausura 2003[1]​ fue el décimo torneo corto desde la creación del formato de un campeonato Apertura y Clausura, que se juega en la Primera División de El Salvador.

San Salvador se proclamó campeón de la competencia por primera vez.

El torneo clausura se desarrolla de la misma forma que el torneo de temporada anterior, en dos fases: Durante la fase de clasificación, los diez equipos se enfrentan a los otros nueve equipos dos veces según un calendario elaborado al azar.

Los cuatro mejores equipos se clasifican para las semifinales, mientras que el último desciende a la Segunda División .

El desempate final se basa en los siguientes criterios: