También existió una tabla de posiciones acumulada con respecto al torneo anterior, para decidir el descenso a Segunda División.

Los equipos que ocuparon los cuatro primeros lugares en la tabla de posiciones clasificaron a la segunda fase.

En la segunda fase se disputaron las semifinales del torneo, en el que el primer lugar de la tabla de posiciones jugó contra el cuarto, y el segundo contra el tercero.

La final se jugó a partido único, y de haber persistido la igualdad tras los noventa minutos, hubo tiempo extra, y en última instancia los tiros desde el punto penal.

En este torneo se decidió el descenso a la Segunda División mediante una tabla acumulada con respecto al Torneo Apertura 2012, y correspondió al equipo que acumuló el menor número de puntos en los treinta y seis juegos de la temporada regular.