Volvió a Boca Juniors en 2009 donde solo disputó 2 partidos y no marcó goles.

En la Copa Libertadores 2011 consagró actuaciones, donde destacaron sus 2 goles a Vélez Sarsfield en Buenos Aires, en el histórico triunfo 4-3 de la UC en fase de grupos, en donde su equipo fue líder del Grupo 4.

[5]​ Su paso por el cual no fue de todo gusto para Pratto, ya que, siempre fue suplente.

Con el Genoa solamente hizo 3 goles, 2 por Copa Italia y 1 por la Serie A.

Esto se debe a que llega como tercer refuerzo, tras haberse ocupado previamente los dos cupos reglamentarios para competir en el torneo local.

Convirtió 7 tantos a lo largo del torneo y marcó uno clave en la victoria por 2-0 ante All Boys en Floresta en la 17.ª fecha.

No sería sino hasta la fecha 18 cuando volvería a convertir en el empate 1:1 con Unión de Santa Fe, su exequipo.

Ese sería un mal campeonato ya que Vélez, al concentrarse completamente en la Copa Libertadores 2013, donde perdió en octavos de final ante Newell's, acabaría en la 14.ª posición del Torneo Final.

Así, al ganarle 1-0 a Newell's, se consagraría campeón del Campeonato de Primera División.

Tanto la Copa Sudamericana 2013 como la Copa Libertadores 2014 serían una gran decepción para él y para el club, donde sería eliminado en cuartos de final y octavos de final, respectivamente.

[11]​ El 22 de diciembre Lucas Pratto viajó a Belo Horizonte para firmar su contrato que lo unirá al club por cuatro años al Atlético Mineiro, también fue su presentación oficial en la cual posó con su nueva camiseta, el club " Galo " tienen grandes aspiraciones a ganar la Copa Libertadores del año 2015.

[12]​[13]​ El 2 de febrero Lucas Pratto tendría su debut en el once titular del equipo y sería su debut oficial jugando con la camiseta del Atlético Mineiro contra el Tupi FC en la victoria 2-0 por la primera fecha del Campeonato Mineiro, el atacante argentino, convertiría un gol tras un error defensivo le dejaría mano a mano que definió por abajo al lado izquierdo del arco.

Anotó el 2-0, el gol clave que daba vuelta la serie, tras un control perfecto del pase de 30 m de Matías Suárez, con una definición magistral por debajo del cuerpo del arquero, convirtiendo a Gallardo en el entrenador más exitoso de la historia del club y al Oso en el ídolo de la afición.

"Esta noche lo único que hace es ratificar que no nos equivocamos en traer a Pratto" afirmó el entrenador en la conferencia de prensa posterior al triunfo 3-0 ante Paranaense.

[19]​ Durante el partido que Feyenoord disputaba contra Ajax, Pratto sufrió una fractura de peroné y ligamentos del tobillo que lo obligaron a someterse a una cirugía y perderse el resto de la temporada.

El resultado quedaría sellado con la anotación de Nicolás Otamendi para la Argentina.

El martes 15 de noviembre del 2016 convierte su segunda anotación jugando para la selección Argentina frente a Colombia como local en San Juan, Argentina, también por las Eliminatorias sudamericanas para la Copa Mundial de Fútbol 2018.

Tras la destitución del entrenador Edgardo Bauza debido a los malos resultados del seleccionado argentino y la llegada al cargo de Jorge Sampaoli en 2017, Lucas Pratto quedó marginado del proceso eliminatorio y no fue incluido en la lista definitiva que clasificó a dicha Copa Mundial.