En 2000 logró ascender a Primera después de 15 años en Segunda, con Miguel Ángel Puppo como técnico.Al año siguiente (siendo el primer equipo «chico» en la historia en ganar dos liguillas consecutivas), volvió a participar de la Copa Libertadores, esta vez dirigido por Antonio Alzamendi, derrotando 2 a 1 al Vélez Sársfield como local y con un recordado penal atajado al famoso portero José Luis Chilavert por parte del portero albivioleta De León en el partido jugado en Buenos Aires.En el Campeonato Uruguayo 2019 nuevamente de la mano de Juan Ramón Carrasco, en su segundo ciclo en el club, Fénix logra clasificarse a la Copa Sudamericana 2020 tras una notable primera parte del año, que le valió el segundo puesto del Campeonato Apertura (culminó en octavo lugar en la Tabla Anual).[2] En la temporada 2020 culmina en séptima posición y, por segundo año consecutivo, Fénix vuelve a clasificarse para la Copa Sudamericana.[3] En dicha edición (2021), queda eliminado en la primera fase ante M. C. Torque, tras empatar sin goles en el partido de ida y perder 2 a 0 en la vuelta.Diseño similar presenta la bandera, aunque es mayoritariamente blanca y posee detalles violetas.El uniforme de Fénix tradicionalmente siempre ha sido compuesto por una camiseta mitad violeta y blanca, aunque también ha tenido variaciones en cuanto a su diseño.[5] El nuevo estadio, el cual ya fue presentado, también estaría ubicado dentro del barrio Capurro y superaría el aforo de 10 000 espectadores.
