En el 2006 fue campeón nacional con Alianza Lima del Campeonato Descentralizado 2006 clasificando y jugando la Copa Libertadores 2007.
Lo curioso es que, con cuatro partidos disputados, logró el título del Campeonato Uruguayo 2020.
Esta victoria hizo que Nacional se adueñara de la tabla anual, por lo cual disputó la final del Campeonato frente a Rentistas.
En dichos partidos, el conjunto de Ligüera venció a Rentistas 3-0 y 1-0 respectivamente.
Así logran el Bi campeonato para Nacional y su primer título uruguayo como entrenador .