[cita requerida] El club ganó la Copa Santa Catarina en el año 2009, y, a continuación, la Recopa Sul-Brasileira en el mismo año, después de vencer a Serrano Centro-Sul por 3-2 en la final.

Joinville también ganó la Serie C en el año 2011, tras derrotar al CRB por 3-1 y 4-0 en la final.

El club ganó la Copa Santa Catarina por tercera vez en el año 2012.

[8]​ Los mayores rivales del Joinville son el Chapecoense, Avaí FC, Figueirense y el Criciúma.

Con este último disputa uno de los más grandes clásicos del estado, el Clásico del Interior (o Clásico Norte-Sur), una rivalidad regional que viene a partir de la década de 1970.