Paralelamente se disputaba la Copa Merconorte, que agrupaba a equipos de los países afiliados a la Conmebol que no participaban en la Copa Mercosur; es decir, clubes de Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela; aunque posteriormente se unieron clubes de Costa Rica, Estados Unidos y México; países afiliados a la Concacaf.

-Argentina: Boca Juniors, River Plate, Vélez Sarsfield, Racing Club, Independiente, y San Lorenzo.

-Brasil: São Paulo, Cruzeiro, Corinthians, Flamengo, Vasco da Gama, Grêmio y Palmeiras.

Es decir, eran partidos de ida y vuelta entre dos equipos, clasificando el que convirtiera más goles (en caso de paridad se recurría a tiros penales); salvo en las finales, pues se tenían en cuenta los puntos (y en caso de empate se jugaba un tercer partido).

Si un equipo hubiese ganado el trofeo por 3 años consecutivos o 5 veces en manera alternada, se quedaría definitivamente con el trofeo del mismo; pero —quizás principalmente debido a su corta duración—, ninguno logró hacerlo por más de una vez.