En ella participaron inicialmente clubes de la Comunidad Andina (Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela) a la que posteriormente se unieron clubes de Costa Rica, Estados Unidos y México.

Paralelamente se disputaba la Copa Mercosur, que agrupaba a equipos de los países afiliados a la Conmebol que no participaban en la Copa Merconorte; es decir, clubes de Argentina, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay.

Millonarios ganó la última edición del torneo en el 2001, disputando la final ante Emelec de Ecuador en los penales.

El único equipo que llegó hasta la final en este torneo y no fue colombiano fue el Emelec de Ecuador, equipo que en el 2001 fue subcampeón tras jugar con Millonarios hasta los penales.

Colombia contaba con 4 cupos, Ecuador y Perú con 3, mientras que Bolivia y Venezuela tenían 1 cupo; en la tercera edición se le restó un cupo a Colombia y se le asignó a Costa Rica mientras se extendió invitación a 4 clubes mexicanos, en la última edición participaron 2 clubes de Estados Unidos y se le restó 1 cupo a México y 1 cupo a Colombia para tener un torneo con 16 clubes.