El torneo se jugó en dos ruedas con un sistema de todos-contra-todos.

El campeón del torneo fue la Universidad de Chile, que consiguió el ascenso a Primera División, junto al subcampeón Palestino y el tercer ascendido Santiago Wanderers (equipo que subió por la Liguilla de Promoción).

En la primera fase, cada zona se jugó durante 22 fechas, en dos ruedas y bajo el sistema de todos contra todos, clasificando los seis primeros equipos de cada una a la fase final de ascenso, mientras los restantes seis disputaban la fase final de descenso.

Los 3 equipos que participaron en esa liguilla, tenían que jugar en una sola sede, en este caso en Viña del Mar y lo disputaron en un formato de todos contra todos en 3 partidos.

El ganador jugará en Primera División para el año 1990, mientras que los 2 perdedores jugarán en Segunda División para el mismo año mencionado.