[4]​ En varias ocasiones han surgido iniciativas que pretenden reemplazar «Santiago» por «Valparaíso» como una manera de ratificar el vínculo con la ciudad.

[8]​ El primer encuentro disputado en su historia habría sido frente al National Football Club del Cerro Artillería, oportunidad en la que el club habría alineado a Eduardo Real como portero; Gilberto Hidalgo y Francisco Avaria (Capitán) en defensa; Romeo Real, Enrique González, Pedro Mujica en mediocampo y los delanteros Manuel Álvarez, Eduardo Pizarro, Arturo Acuña, Carlos Solar y Germán Sánchez.

Es así, que entre los años 1940 y 1943 en Chile existieron dos ligas profesionales: la Central, con sede en Santiago, junto a esta nueva competencia ubicada en Valparaíso.

[27]​ En 1954 mejoró y se ubicó tercero en la primera fase del campeonato para rematar quinto en la liguilla final.

[30]​ En el plantel campeón destacaron jugadores como Raúl Sánchez, Armando Tobar, Carlos Hoffmann, Jorge Dubost, Emilio Bozzalla, Francisco Julio, Juan Félix Martínez, Aldo Valentini y teniendo como goleador a Jesús Picó con once goles.

[32]​ La temporada siguiente si bien mostraría a mostrar un desgaste se obtendría una nueva corona, la Copa Chile 1961, al derrotar a la Universidad Católica en doble definición, finalizado este año se marcharía por segunda vez el entrenador José Pérez.

[42]​ En 1983 el club realizó una pésima temporada finalizando en la posición 21 solo superando a Audax Italiano, por lo cual le correspondía descender, sin embargo a mitad de campeonato se cambiaron las reglas estableciendo que los equipos que hubiesen alcanzado las semifinales de la Copa República no descenderían, como el equipo alcanzó las semifinales, donde fue eliminado por la Universidad Católica, se salvó de bajar, sin embargo Unión Española quien se vio perjudicado por esto presentó un reclamo por vicio reglamentario, que si bien en un principio fue rechazado por la Asociación de Fútbol Profesional, finalmente se decidió suspender el descenso.

En 1984 el club descendió por tercera vez al ocupar la décima posición en la zona norte de la Primera División de Chile 1984 teniendo marcadas malas campañas los años siguientes donde serían una constante los problemas económicos donde incluso los jugadores tendrían que armar una cooperativa para pagar los sueldos pasando a ser ellos los dueños del club.

[43]​ Tras el ascenso se comenzó los años 1990 obteniendo un discreto 12.º puesto,[44]​ a solo dos puntos del descenso.

En el plantel que logró ese ascenso, destacaban jugadores como Rodrigo Cuevas, Raúl Muñoz, Pablo Peñailillo, Héctor Santibáñez, Claudio Núñez, Reinaldo Navia, Santiago Pizarro, Juan Carlos Guarda, Luis Guarda y los argentinos Víctor Hugo Amatti, Juan Carlos Zaragoza y Jorge Almirón debutando además en la última fecha un joven Moisés Villarroel.

[47]​ Durante este periodo, pese a contar con grandes jugadores como Reinaldo Navia, Marcelo Vega, David Pizarro, Claudio Borghi, Gabriel Mendoza, el uruguayo Gonzalo Camilli, el seleccionado ecuatoriano Alberto Montaño y el mundialista de Francia 1998, Moisés Villarroel, no se consiguieron buenos resultados finalizando 14.º en 1997[48]​ y 15.º en 1998,[49]​ lo que significó un nuevo descenso de la mano del técnico Pedro García.

En 1999 la directiva conformó un buen plantel con miras a obtener el ascenso esa misma temporada, sin embargo, transcurrido parte del torneo el club solo se ubicó en la medianía de la tabla, por lo cual se decidió cesar al entrenador Guillermo Páez y contratar en su lugar al exjugador de los años 1970, Jorge Garcés, con quien se obtuvo el ascenso en la última fecha, donde empató 1 a 1 ante Deportes Ovalle.

En la última fecha, se enfrentaba a Audax Italiano como puntero del campeonato, con 3 puntos sobre la Universidad Católica, ante un Estadio Nacional con 50.000 personas que en su mayoría viajaron desde Valparaíso, se ganó por 4 a 2 con goles Renato Garrido, Silvio Fernández, Jaime Riveros y Joel Soto, coronándose campeón de fútbol chileno, luego de 33 años.

[54]​ Las buenas presentaciones continuaron durante el Apertura 2004, ubicándose segundo en la fase regular, a tan solo un punto de Cobreloa.

En el Clausura no se pudo revalidar la campaña del torneo anterior, finalizando último en la fase regular,[56]​ lo que produjo el despido de Yuri Fernández por parte de la directiva, causando gran malestar entre los aficionados quienes despidieron en hombros al destituido técnico.

Durante el Torneo de Apertura, solo se ubicó en la decimotercera posición, lo que no le permitió acceder a los playoffs.

Los malos resultados llevaron a la salida del técnico argentino y la llegada de Héctor Robles en su reemplazo.

[72]​ Con esto, Santiago Wanderers se convirtió en el primer equipo chileno en disputar la Copa Libertadores encontrándose en la segunda categoría del fútbol nacional.

La última vez que Wanderers logró tener ventaja en el historial de enfrentamientos por primera división fue en 1970.

Si bien la gira fue beneficiosa en el aspecto deportivo, fue pésima en lo económico, ya que se contrajeron numerosas deudas con varios equipos y federaciones sudamericanas.

Sin embargo, cuando en agosto de 1908 llegaron los uniformes a Valparaíso, eran diez camisetas verdes más una blanca para el portero, que quedaron como definitivas.

Este uniforme, denominado «modelo Panzer», estaba en una tienda de Viña del Mar, donde fue advertido por los jugadores Alberto Ferrero, Vicente Cantatore y Mario Griguol, quienes le llevaron uno a los dirigentes.

La actual sede social de Santiago Wanderers es la Casa Ballivián, se encuentra ubicada en calle Independencia 2053/2026.

Entre ellos, Eduardo Herrera (314), Moisés Villarroel (309) y Eugenio Méndez (299) son los jugadores con más partidos disputados por el club desde su ingreso al profesionalismo en 1937.

[114]​ Desde entonces, el club ha contribuido con alrededor de 50 futbolistas al combinado nacional, quienes en su totalidad sumaron sobre 270 presentaciones por encuentros tipo A con la roja.

[115]​ Entre estos, Raúl Sánchez es quien acumuló el mayor número de presencias mientras jugaba por Santiago Wanderers, con 33 partidos disputados entre 1959 y 1964.

[116]​ También el club posee una galería de jugadores emblema donde se encuentran: Raúl Sánchez, Juan Olivares, Elías Figueroa, Moisés Villarroel y Jorge Ormeño.

Desde 2017 el directorio está conformado por siete miembros que duran tres años en sus cargos, con opción de ser reelegidos por un período.

[128]​ Este equipo se convirtió en un centro de encuentro para "wanderinos", chilenos y latinoamericanos en aquel país.

Las primeras categorías del club fueron adulto y juvenil varón, cuyos integrantes provenían mayoritariamente de la Universidad Técnica Federico Santa María, la Universidad Andrés Bello, el Colegio Internacional, el Colegio Luterano, entre otros, a las que se sumaron las categorías adulto dama y cadete masculino en 2004.