Junto con el primer equipo adulto, funciona una división juvenil.

Milita actualmente en la Primera B de Chile desde el año 2022, la segunda categoría del fútbol femenino chileno, tras descender el año anterior como último del Grupo A.

En aquella temporada se disputó el Torneo Vifufem a nivel local.

Sin embargo, la realización en Chile del Mundial Femenino Sub-20 en 2008, obligó a la ANFP a la creación de una liga nacional de fútbol femenino.

Con escasa preparación, Santiago Wanderers finalizó en el penúltimo puesto.