[2]​ Los clubes se dividen en 2 grupos, Zona Norte y Zona Sur, cada uno conformado con 9 equipos, Audax Italiano, Colo-Colo, Deportes La Serena, Palestino, San Luis de Quillota, Santiago Wanderers, Unión Española, Universidad Católica y Universidad de Chile constituyeron la Zona Norte, mientras que, Cobresal, Curicó Unido, Deportes Temuco, Everton, Deportes Puerto Montt, Rangers, Santiago Morning, Unión Temuco y Universidad Austral de Chile conformaron la Zona Sur.

= Posición; PTS = Puntos; PJ = Partidos Jugados; PG = Partidos Ganados; PE = Partidos Empatados; PP = Partidos Perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de goles * Nota: Algunos partidos no se jugaron en la fecha programada, cuando dichos encuentros pendientes se disputaron, la tabla de evolución se rehízo como si se hubieran jugado en las fechas correspondientes.

Terminada la fase clasificatoria, los 4 mejores equipos de cada zona accedieron a playoffs para disputar el título del campeonato de apertura 2013.

Los cuartos de final y las semifinales se jugaron en un solo partido, jugando de local el equipo que obtuvo el mejor lugar en su zona durante la fase regular del campeonato.

La final se disputó en partidos de ida y vuelta, siendo local en el primer partido el equipo que obtuvo menor rendimiento durante la fase regular.