[2] Los participantes jugaron en una ronda contra los 13 equipos restantes.
Los cuatro primeros lugares clasificarán a los play-offs, en donde los equipos jugarán en semifinal y final.
*Nota: San Marcos de Arica fue penalizado con la resta de 3 puntos, ya que inscribió a una jugadora luego del inicio del partido jugado frente a Colo-Colo.
Concluida la Fase Clasificatoria, los 4 primeros equipos de la tabla general accederán a esta etapa y disputarán el título del Torneo de Apertura 2012.
Los encuentros se efectuarán en partidos de ida y vuelta, siendo local en el partido de ida el equipo que obtenga la peor ubicación en la tabla general.