La organización estuvo a cargo de la Asociación Nacional de Fútbol Profesional (ANFP) y los partidos más importantes fueron transmitidos por CNX Radio Chile a través de su sitio web.
Al término de esta etapa, resultaron clasificados a play-offs los equipos que obtuvieron los cuatro primeros lugares en la tabla general.
= Posición; PTS = Puntos; PJ = Partidos Jugados; PG = Partidos Ganados; PE = Partidos Empatados; PP = Partidos Perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de goles *Nota: Ñublense fue sancionado con la resta de 1 punto.
Concluida la Fase Clasificatoria, los 4 primeros equipos de la tabla general accedieron a esta etapa y disputaron el título del Torneo de Clausura 2012.
Los encuentros se efectuaron en partidos de ida y vuelta, siendo local en el partido de ida el equipo que obtuvo la peor ubicación en la tabla general.