El trofeo fue ganado por Colo-Colo, tras derrotar a su clásico archirrival, la Universidad de Chile mediante los tiros desde el punto penal en la final disputada en el Estadio Nacional, ante más de 60.000 espectadores.
[1][2] Este torneo contó con la particularidad de tener un número impar de equipos (19), debido a que el vigésimo participante, Deportes Concepción, fue suspendido de participar en la temporada 2006 del fútbol chileno, por problemas financieros.
En este caso se jugaba un partido de repechaje en la cancha del equipo con mayor puntaje durante la Fase Clasificatoria.
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; DIF=Diferencia de gol Al concluir la fase regular, los primeros de cada grupo más los mejores segundos (2) clasificaron automáticamente a los play-offs para disputar el título del Torneo Apertura 2006 enfrentándose en partidos de ida y vuelta, aunque sí se necesitaban 8 para completar todos los clasificados, los cuales iban a salir entre el 3° del Grupo A (Universidad Católica), el 2° del Grupo B (Deportes La Serena), el 3° del Grupo C (Unión Española) y el 2° del Grupo D (O'Higgins) enfrentándose en un duelo ida en la cancha del equipo con mejor puntaje, terminaron tomando los últimos 2 cupos cruzados e hispanos tras eliminar a los rancagüinos y granates respectivamente.
Aquí se encuentra la lista de tripletas o hat-tricks, póker de goles y manos (en general, tres o más goles anotados por un jugador en un mismo encuentro) convertidos durante el torneo: Clasificaron a este torneo continental: Clasificaron a este torneo continental: