Tomás escribió en octubre de 1256, unos meses más tarde del segundo panfleto de Saint-Amour, Contra los que impugnan el culto divino y, el papa Alejandro IV, ese mismo mes, excomulgaría a Saint-Amour, prohibiéndole la enseñanza y los sacramentos.Esta época, por ser la última, es la más madura y fecunda del Aquinate pues se enfrentaría a tres brazos del pensamiento: los idealistas agustinistas, encabezados por Juan Peckham, los seculares antimendicantes, dirigidos por Gerardo de Abbeville y, por último los averroístas, cuya figura visible era Sigerio de Brabante.Sin embargo, tan pronto comenzó la tercera parte de la Summa Theologiae tuvo una singular experiencia mística (ya las había tenido antes, está bien documentado[21]) tras la cual se le haría imposible escribir:Aunque el interés y la temática principal siempre es teológico, su obra abarca igualmente comentarios de obras filosóficas, polémicas o litúrgicas.Así, sus obras se encuentran divididas en: Santo Tomás es considerado como máximo exponente del pensamiento de Aristóteles durante el Medioevo.Ahí introduce una innovadora distinción entre essentia (esencia) y esse o actus essendi (acto de ser).Para ambos el entendimiento toma la forma genérica y substancial de los objetos del exterior (percibida a través de los individuos, plenamente reconocidos por la intencionalidad del esciente) y la abstrae, dando lugar a la especie o universal en acto.Dicho problema, mencionado primeramente por Porfirio en su Isagoge, analiza el modo de ser del universal.[34] Por lo tanto, comprendemos la esencia, quididad, naturaleza o forma de un objeto espiritualmente por un órgano como el ojo, la cual forma una especie inteligible en la memoria al quitar las propiedades que le son accidentales, creándose una "palabra interior" o "concepto" de dicho objeto.[43][44] La moral de Aquino está basada en este último principio que tomó del pensamiento estoico.La necesidad de que la conducta humana sea dirigida hizo necesario tener ley divina revelada en las Escrituras.[49] Ya que todo ente tiene una forma, con sus límites y medidas, según esas leyes de naturaleza, el hombre alcanza su bien, su virtud.Tomás afirmó que la voluntad de un individuo debe estar ordenada hacia las cosas correctas, como la caridad, la paz y la santidad.[73] Con respecto al matrimonio, la esposa en este tipo de servidumbre goza más estatus que los siervos.Su realismo aristotélico provocó numerosos enfrentamientos con los agustinistas, y, entre otras cuestiones, con el muy discutido argumento ontológico de San Anselmo.No obstante, su exposición es tan completa y sistemática que se ha convertido en el modelo de la filosofía clásica respecto a este punto.[89] Estas Vías concluyen con "a esto, entonces, es lo que llamamos Dios"; sin embargo, las vías no demuestran la existencia del Dios cristiano por sí solas, pero Tomás cree que es posible inferir sus atributos divinos tras reflexionar sobre la naturaleza de dichas conclusiones.[35] Sin embargo, desde el punto de vista estrictamente filosófico, se habría de conocer a Dios no mediante dichas fuentes sino del modo en que está ordenada la razón natural: tomando las cosas sensibles (los efectos) y abstraerse a sus principios (la causa) o fines.En respuesta a Fotino, Tomás afirmó que Jesús era verdaderamente divino y no simplemente un ser humano.En resumen, "Cristo tuvo un cuerpo real de la misma naturaleza que el nuestro, una verdadera alma racional y, junto con estos, una Deidad perfecta".Tomás razonó que estas especies se generaron a través de mutaciones en el esperma animal, y argumentó que no fueron involuntarias por naturaleza; más bien, tales especies simplemente no estaban destinadas a una existencia perpetua.[134] Siguiendo a San Agustín de Hipona, Tomás define el pecado como «un dicho, hecho o deseo contra la ley eterna».[137] El Aquinate pertenecía a la Orden Dominicana, que comenzó como una orden dedicada a la conversión de los cátaros (un movimiento religioso calificado como herejía por la Iglesia católica) y otras facciones heterodoxas, al principio por medios pacíficos; más tarde los cátaros fueron combatidos mediante la cruzada albigense.Respecto a los infieles (del latín infidelis, que literalmente significa "sin fe") como los musulmanes, Tomás desconfiaba de ellos.Tomás sabe que los seres humanos son esencialmente físicos, pero la fisicalidad tiene un espíritu capaz de regresar a Dios en la otra vida.[142] Para Tomás, las recompensas y el castigo de la otra vida no son solo espiritual.[143] La resurrección proporciona el ímpetu para que las personas en la tierra renuncien a los placeres de esta vida.De Aristóteles toma y analiza sus teorías principales, aunque con la perspectiva cristiana del ser, como se ha visto antes.Su pensamiento será criticado por teólogos escolásticos posteriores, como Juan Duns Scoto[147] y Guillermo de Ockham.Según William Inge, Tomás «está más cerca de Plotino que del verdadero Aristóteles».
