San Martín consideró necesaria la ayuda militar externa y en pos de ella fue a entrevistarse en Guayaquil con Bolívar.
Luego de la instalación y en la misma fecha, este Congreso ofreció al general San Martín, poderes dictatoriales, que rehusó.
La Suprema Junta de Gobierno organizó una expedición militar contra los españoles que todavía dominaban el sur del Perú.
Cuando a fines de diciembre Alvarado desembarcó en Arica y avanzó sobre Moquegua se encontró con las fuerzas realistas que ocupaban mejores posiciones.
Se temió que las tropas realistas acantonadas en Jauja (sierra central peruana), pasaran a la ofensiva y reconquistaran Lima.
Riva-Agüero no acató tal disposición congresal y se embarcó a Trujillo (norte del Perú) con parte de las autoridades.
En el mes de mayo, continuó su marcha hacia la sierra central, apoyado eficazmente por las montoneras acaudilladas por Marcelino Carreño.
Dispuestos a entablar la batalla definitiva, los realistas ocuparon las faldas del cerro Condorcunca y los patriotas se desplegaron en la Pampa de la Quinua.
La Legión Peruana pudo entonces contener a Valdés, lo que fue un hecho crucial para el resultado final de la batalla.
El Ejecutivo, estaba integrado por un presidente vitalicio con facultad de designar a su sucesor; un vicepresidente y tres ministros.
La oposición al régimen bolivariano se hacía cada día más fuerte e insistente debido, principalmente, a la acción de los liberales.
La Mar había sido elegido diputado por Huaylas, pero se hallaba entonces en Guayaquil, como Jefe Político y Militar de dicha plaza (perteneciente a la Gran Colombia).
Pero sorpresivamente, Luna Pizarro anunció que ese mismo día, 9 de junio, se haría la elección en sesión permanente.
Poco después, Santa Cruz fue nombrado Presidente de Bolivia, hacia donde partió, con previa autorización del gobierno peruano.
En dicho país, Santa Cruz realizaría una gran obra administrativa, aunque continuó intrigando contra el gobierno peruano.
Este hecho fue muy importante para el Perú, pues se eliminaba así un peligroso frente ante la guerra inminente contra la Gran Colombia.
El ambiente tenso fue caldeado aún más por la prensa de ambos países, que se hicieron mutuas provocaciones e injurias.
La marina peruana, al mando del almirante Martín Guise, procedió a bloquear la costa pacífica grancolombiana, en agosto de 1828.
Conforme pasaba el tiempo, la oposición liberal al gobierno se robusteció más y los miembros del Congreso hicieron sentir su protesta.
En su elocuente discurso, Vigil denunció los actos ilegales y las arbitrariedades en que había incurrido el régimen de Gamarra.
La Fuente se vio obligado a huir por las azoteas y halló finalmente cobijo en un buque extranjero anclado en el Callao.
Entonces la Convención Nacional asumió temporalmente el poder ejecutivo y se arrogó la potestad de elegir a un Presidente provisorio.
Los liberales, por su parte, apoyaron la candidatura del general liberteño Luis José de Orbegoso, un militar débil y manejable.
Se esperaba un encuentro definitivo en las cercanías de Jauja, pero fue entonces cuando el oficial bermudista José Rufino Echenique intentó convencer a su jefe Bermúdez para que celebrara un acuerdo pacífico con Orbegoso.
Pero antes de producirse el enfrentamiento, Nieto fue apresado por sus mismos oficiales y entregado a Salaverry, quien lo envió al destierro.
Gamarra, enfurecido con Santa Cruz por su pacto con Orbegoso, se alió con Salaverry, haciendo así un frente común ante la invasión extranjera.
La artillería boliviana puso en fuga a los indígenas auxiliares, y al cabo de dos horas, Gamarra se vio completamente derrotado.
Salaverry inició un movimiento táctico para dominar a Santa Cruz, que consistía en ganar las alturas del Paucarpata, inmejorable posición estratégica.
Se libró la sangrienta batalla de Socabaya, donde, pese a la bravura que desplegaron los peruanos, estos fue totalmente derrotados por los bolivianos.
Salaverry huyó hacia el mar, pero fue interceptado por una patrulla del general Guillermo Miller, quien consiguió su rendición prometiendo interceder por su vida.