Dejó el servicio naval colombiano en noviembre de 1827 y fue admitido en el peruano en marzo siguiente, embarcándose en la Presidente.

Con el auxilio del bergantín Congreso y la fragata Macedonia, extendió el bloqueo hasta Panamá.

[1]​ Firmada la paz con la Gran Colombia, Boterín respaldó al gobierno del general Agustín Gamarra (1829-1833).

En 1835 se sumó a la revolución del general Felipe Santiago Salaverry, quien lo nombró jefe de la escuadra.

[2]​ Retornó con la Primera Expedición Restauradora peruano-chilena, la misma que en Paucarpata capituló ante las fuerzas peruano-bolivianas dirigidas por Santa Cruz, en 1837.