Hacia 1835, intrigas políticas provocaron levantamientos y divisiones en el Perú, imperando el caos.Para refrenar los intentos revolucionarios del mariscal Agustín Gamarra en el sur, el presidente Luis José de Orbegoso se dirigió al Cuzco.Buscando consolidar su gobierno, el golpista Salaverry marchó al sur para combatir a Santa Cruz, que al frente de un numeroso ejército, a solicitud de Orbegoso, había cruzado la frontera peruano-boliviana.En esa misma asamblea se procedió a la creación de los símbolos patrios (bandera y escudo nacional).Santa Cruz, que había esperado en Tarma mientras debatía la Asamblea, entró triunfalmente a Lima en 1836, asumiendo el mando como Supremo Protector de los Estados Sud y Nor Peruanos.Ese mismo día, Santa Cruz tomó el poder como Supremo Protector de la Confederación Perú-Boliviana, quedando Orbegoso como presidente del Estado Nor-Peruano.Este ejército invadió territorio del Estado Sur Peruano, sin embargo tuvo rechazo de la población local.Continuando con una serie de combates y escaramuzas entre ambas fuerzas todos ellos sin resultados concluyentes.Durante la segunda expedición restauradora, el presidente del Estado Nor-Peruano Luis José de Orbegoso[7] declaró la independencia del Estado Nor-Peruano, provocando la primera secesión importante contra la Confederación Perú-Boliviana, Santa Cruz logró mantener al estado rebelde como una república autónoma al ponerlo en contra de los aliados restauradores, provocando la inminente invasión del norte confederado.[8] El general chileno Manuel Bulnes fue nombrado Gran Mariscal de Ancash por el presidente peruano Agustín Gamarra.No obstante, al no contar los bolivianos con tropas suficientes para poder mantener una ocupación prolongada y tras sufrir varias derrotas, ambos contendientes se avinieron a firmar una paz en 1842, previa mediación del ministro Plenipotenciario peruano José Antonio de Lavalle.Tras la derrota en Yungay, Andrés de Santa Cruz se retiró hacia Lima para reorganizar sus fuerzas y preparar la defensa en el Callao, puesto que para Santa Cruz se había perdido la batalla pero no la guerra, pues aún contaba con fuerzas militares y mucho apoyo en el Sur del Perú.Tras ello el Protector se retiró hacia Arequipa donde encontró que los sentimientos populares estaban decididos a dar batalla al ejército chileno, justo cuando se preparaba para dirigirse a Puno donde iba a asumir el mando del Ejército del Centro, un mensajero le aviso que el Ejército Boliviano al mando de José Ballivian que se encontraba acantonado en Puno y La Paz se había sublevado en su contra.El general José Ballivian, apoyo el golpe de Velasco con las fuerzas bolivianas acantonadas en Puno y Vilque, al parecer había estado conspirando junto al gobierno chileno durante más de un año atrás para derrocar a Santa Cruz y destruir la Confederación, inmediatamente en varias ciudades en Bolivia se empezó a proclamar como presidente de Bolivia a Velasco y a Ballivian como su Vicepresidente.Es por ello que a partir de ese momento se inició la Guerra entre Perú y Bolivia mediante la cual el mariscal pensaba anexar todo el territorio de esa república.El Estado Sur-Peruano comprendió los antiguos departamentos peruanos de Arequipa, Cusco, Ayacucho y Puno.Tuvo como presidentes a: La Asamblea de Sicuani decretó los símbolos del flamante estado confederal, consistentes en una bandera que fusionaba colores de las banderas boliviana y peruana y unas nuevas armas o emblema estadual.Tuvo como presidentes a: Bolivia heredó los mismos símbolos de su periodo pre-confederal.Mediante el mismo decreto se designó como capital del departamento a Tacna.La Confederación respetaba la heterogeneidad identitaria de los pueblos indígenas, respetaba su organización en repúblicas indígenas y sobre todo reconocía su lucha por defender sus formas de vida ancestrales, en contraste con el Proyecto Nacional-criollo homogeneizador que habían emprendido las élites costeñas desde la independencia del Perú.Basó su estructura, instrucción y tácticas militares en el modelo napoleónico, como tantas otras naciones de aquella época.
