[13]​ Por eso las alternativas políticas vinieron de regiones relativamente marginales para Madrid, como Buenos Aires o Caracas.

[24]​ Riva Agüero de mala gana aceptó la autoridad del Libertador pero rápidamente empezó a negociar con los realistas.

[46]​[47]​ Otra medida que lo hizo detestado por los indígenas fueron las tasaciones hechas en pleno caos bélico, sin control y muchas veces por funcionarios miembros de la aristocracia criolla o comprados por ella, que permitieron la división individual de sus tierras comunales y su compra por los hacendados.

En la Gran Colombia había un fuerte presidencialismo justificado en la guerra y la necesidad de un líder con poder casi ilimitado por la crisis constante.

Con fuertes vínculos comerciales y culturales con el Perú, había quedado bajo la autoridad de Lima desde 1810 para evitar que lo conquistaran las tropas revolucionarias porteñas.

[62]​ Con una fuerte propaganda antinapoleónica en Perú,[62]​ enviando dinero y refuerzos a sus aliados, se lograron armar expediciones que permitieron recuperar los antiguos territorios virreinales.

El sacerdote y vicepresidente de la asamblea, José María Mendizábal (La Paz), aboga por lo mismo aunque acabara votando por la independencia.

[84]​ En el proceso no participaron las masas indígenas, sólo los estratos altos y medios de la población, es decir, criollos.

[91]​ Rápidamente se acusó a Sucre de buscar la división del Perú al permitir tal decisión.

[92]​ La verdad es que Bolívar transfirió la decisión final a Sucre, mucho menos preocupado en ligas continentales, y así legitimando la autonomía boliviana.

Quería que Sucre esperada mientras se reunía en Panamá con personeros peruanos y rioplatenses para resolver el asunto teniendo en cuenta la voluntad popular.

[84]​ Sucre envió al general Francisco Burdett O'Connor para elegir entre Atacama, Cobija, Mejillones y Loa el puerto a invertir.

[76]​ Ese problema para su comercio sería una de las causas principales del apoyo a la futura Confederación Perú-Boliviana.

Junto a piquetes dispersos en el resto del país y milicias sumaban 3.500 combatientes, aunque Sucre esperaba movilizar 5.000.

[117]​ Debe tenerse en cuenta que por entonces Santa Cruz era el presidente provisional del Perú, pero era un altoperuano con muchos partidarios en Charcas haciéndole propaganda.

Esto llevó al gobierno peruano a pedir reiteradamente que las tropas grancolombianas se retiraran de Bolivia.

Poco después, Gamarra reclamó de que se estuviese reclutando tropas, mientras él retiraba las suyas a Lampa y Pucará, nueve leguas más al norte.

Sin embargo, el general Juan José Flores, a cargo del gobierno de Ecuador, le había propuesto dicho plan anteriormente.

[129]​ Debe mencionarse que Gamarra odiaba a Sucre por menospreciar su participación en la victoria de Ayacucho y no reconocer públicamente sus aportes en aquel evento.

[129]​ Ocho días después Gamarra se reúne con sus oficiales y les informa que La Mar le dio completa libertad para actuar en el sur.

[147]​[148]​[7]​ Al llegar enviaron un piquete a Nucho (o Ñuccho), donde estaba convaleciente Sucre, arrestándolo el 4 de julio.

[144]​[142]​ Quedó a cargo del ayudante de Gamarra, coronel Bernardo Escudero, y lo visitó el joven capitán José Rufino Echenique.

[149]​ Poco antes, Braun intento nuevamente resistir, esta vez en Oruro logró forzar al batallón Zepita a retirarse sin sufrir bajas con el grueso del ejército peruano.

El sargento mayor Juan Bautista Zubiaga fue mandado de Oruro con anticipación para buscar y preparar transportes que los condujeran a su patria.

También le exigieron al nuevo gobierno boliviano ayuda militar pero este estaba más preocupado de sus relaciones diplomáticas con Brasil y se negó.

[168]​ Los victoriosos peruanos enviaron a la división del general José María Plaza, unos mil efectivos, como vanguardia hacia el Portete de Tarqui.

[174]​ Finalmente, el desprestigio que le trajo al presidente llevó a la formación de un triunvirato entre sus rivales Santa Cruz, Gamarra y La Fuente.

La independencia fue traumática, significó el fin de un orden político, social, económico y cultural que había durado tres siglos.

[192]​[13]​ Estas milicias, nacidas del espíritu de defensa comunitario, étnico y localista, permanentemente intentaron defender la autonomía del poder regional frente al nuevo orden republicano, de ahí que muchos pueblos indígenas negocien con caudillos civiles y militares su apoyo en las luchas por el poder.

[13]​ En consecuencia, la sociedad acabó fuertemente militarizada, políticamente disgregada e institucionalmente caótica, pero asombrosamente el país no se desmembró.