Los intereses extranjeros se hicieron presentes en el conflicto, pues los liberales tenían lazos con el Perú y los conservadores con Chile.

Dentro del territorio controlado por cada bando estallaron revoluciones y contrarrevoluciones que complicaban la situación humanitaria de los civiles.

[5]​ La pérdida del litoral fue un duro golpe a la élite criolla que implicó una limitación al acceso al comercio internacional, algo que los liberales usaron para ganar apoyo popular contra los conservadores partidarios del tratado.

[6]​ Los conservadores mantuvieron el poder durante cuatro mandatos: Pacheco (1884-1888), Arce (1888-1892), Baptista (1892-1896) y Severo Fernández Alonso.

Tres días después se aprobaba la Ley Radicatoria, con Sucre como capital y sede del poder ejecutivo.

[13]​ Los liberales de Pando se aliaron con Pablo Zárate Willka, cacique del Altiplano.

Tras estos hechos, los diputados paceños se replegaron a su departamento por orden de la Junta Federal.

El presidente boliviano decidió marchar sobre La Paz con los tres escuadrones acantonados en la capital (Bolívar, Junín y Húsares).

[19]​ Sin embargo, salvo ese cambio el triunfo liberal no tuvo mayores consecuencias sociales y tampoco se adoptó un modelo de estado federal.

Ese proceso ya había comenzado durante la guerra, cuando muchas veces los indios desobedecían a sus comandantes criollos y cometieron varias atrocidades.

[25]​ Las revueltas indianas fueron aplastadas con varias matanzas del ejército y el principal cacique, Zárate Willka, que había sido elevado al rango de general por los liberales, fue arrestado.

Mantuvieron algún tipo de vida comunitaria subordinada al patrón, pero pasarían décadas hasta verdaderas reformas agrarias.

Las comunidades buscaron refugio en las antiguas misiones pero pronto los liberales las secularizaron y se hicieron con sus tierras (1915-1928).