En 1855, pese a su corta edad, fue elegido y admitido como diputado por el departamento de Chuquisaca.

Colaboró con el dictador José María Linares, a quien acompañó en su destierro hasta su muerte, en 1861.

Durante la guerra del Pacífico (1879-1883), Baptista desempeñó diversas misiones diplomáticas y defendió la paz con Chile con notable elocuencia.

Su sentido práctico le hacía considerar que Bolivia debía abandonar la alianza con el Perú y buscar un arreglo con Chile.

Representantes de Chile eran Eulogio Altamirano Aracena, José Francisco Vergara y Eusebio Lillo.

Finalizando el periodo de Arce, Baptista lanzó su candidatura a la presidencia contando con el apoyo gubernamental.

Se autorizó al banco la emisión, descuento, préstamo y depósito de la moneda.

[1]​ El banco abrió sus puertas al año siguiente, con central en Sucre, siendo una institución personal que años más tarde se convierte en Sociedad Anónima, luego de haber crecido rápidamente y haberse expandido con sucursales en Cochabamba, Oruro y Potosí.