Durante la guerra del Pacífico, Pando contribuyó con el Ejército de Bolivia, cuando, en plena guerra, hizo gestiones al traer desde Estados Unidos los cañones que el general Hilarión Daza le había encomendado.

A él se debe, en buena parte, el conocimiento y la integración del norte al país, conocido entonces como Territorio Nacional de Colonias (hoy territorio de los departamentos de La Paz, Beni y Pando, este último, precisamente, lleva su apellido, en su honor).

Se creó una Junta Federal de Gobierno integrada por Pando, Serapio Reyes Ortiz y Macario Pinilla Vargas, y que instaló la sede de gobierno en La Paz.

Esta Junta llevó a cabo algunas reformas institucionales y realizó algunas obras públicas, como la construcción del palacio de gobierno de La Paz, hasta que una Convención Nacional reunida en 1899 eligió presidente a Pando.

Dicha región del Acre, situada en el norte y colindante con la frontera con Brasil, había sido invadida por colonizadores o seringueiros brasileños, en plena fiebre del caucho.

El gobierno boliviano, queriendo hacer valer sus legítimos derechos en dicha región, fundó en 1899 Puerto Alonso y estableció los impuestos a los explotadores del caucho.

Pero los seringueiros se rebelaron e iniciaron un movimiento secesionista denominado la primera revolución del Acre, que el gobierno boliviano pudo dominar (1901).

Poco después de retornar a La Paz, al culminar ya su periodo, Pando entregó el poder a Ismael Montes, que era igualmente del partido liberal (1904).

Para la mayoría, se trató de un crimen político, perpetrado por instigación del partido liberal.