Durante la presidencia del conservador Severo Fernández Alonso se produjo la llamada Revolución Federal (1899) que enfrentó en una guerra civil a las elites de La Paz y Sucre y a los liberales y conservadores, respectivamente.
Los liberales, enarbolando la bandera del federalismo, se opusieron a dicha ley y el 12 de diciembre proclamaron una Junta Federal de Gobierno en La Paz, integrada por el prefecto Serapio Reyes Ortiz, el coronel José Manuel Pando y el doctor Macario Pinilla Vargas.
Simultánea a esta guerra, ocurrió la rebelión encabezada por el líder aimara Pablo Zárate, el “Temible Willka”, en defensa de tierras comunales expropiadas desde décadas anteriores.
Tras cuatro meses de lucha, los liberales vencieron a los conservadores en la Batalla del Segundo Crucero.
Sin embargo, dejaron abierta la posibilidad para su reforma fundamental o parcial, por simple mayoría de votos y sin sujeción a los trámites establecidos en ella.