La Armada de la Confederación Perú-Boliviana fue un cuerpo naval formado por los estados de Bolivia, Nor Peruano y el Sur Peruano de la Confederación Perú-Boliviana, esta unión se produjo de facto al acabar la Guerra entre Salaverry y Santa Cruz en 1836, pero institucionalmente se produjo en 1837 con la formulación de la constitución de la Confederación.
En octubre de 1837 una expedición naval confederada al mando del general Trinidad Morán incursionó en costas chilenas obteniendo la capitulación de la guarnición de la isla Juan Fernández donde se suponía se encontraba prisionero Ramón Freire aliado político de Santa Cruz, a su regreso al Perú la flota confederada capturó dos mercantes chilenos.
Roto el Tratado de Paucarpata y reiniciadas las hostilidades, el 12 de enero de 1838 tres naves confederadas al mando del almirante Juan José Panizo logran batirse exitosamente en retirada ante cinco naves de la armada chilena, ahora reforzada con las naves confederadas capturadas en el Callao.
A fines de 1838 el protector Andrés de Santa Cruz otorga patente de corso a toda nave extranjera que lo desee a fin de contrarrestar la superioridad material de la armada chilena.
El 12 de enero de 1839, ocho días antes de la batalla de Yungay, los corsarios confederados al mando de Juan Blanchet son derrotados en Casma por una escuadra chilena al mando del marino inglés, nacionalizado chileno, Roberto Simpson.