Ingresa al ejército venezolano bajo el mando del Libertador Simón Bolívar en compañía de su hermano Juan Jacinto.

Participó también en las batallas de Los Horcones, Bárbula, Puerto Cabello, La Victoria y San Mateo, donde sale herido; en estas precarias condiciones se une a la emigración del ejército patriota ante la inminente ofensiva española encabezada por Boves.

Ese mismo año fue fusilado su hermano Juan Jacinto al igual que ocurrió con su padre en 1813 por el ejército realista.

Obtuvo el comando de una lancha armada y con ella se presentó al campamento patriota.

Durante algunos años residió en paz en Arequipa, pero volvió al servicio activo cuando en 1834 los generales Agustín Gamarra y Pedro Pablo Bermúdez se sublevaron contra el presidente provisorio Luis José de Orbegoso.

Hecha la paz por efecto del Abrazo de Maquinhuayo, el comandante Morán retornó a Arequipa.

Ascendido a general, comandó la división peruana en la batalla de Yanacocha, donde Gamarra fue derrotado.

Durante la guerra con Chile, la Confederación Argentina y los restauradores peruanos, el general Morán dirigió una audaz expedición sobre costas chilenas en la cual capturó las islas Juan Fernández, hostilizó el puerto de Talcahuano y capturó dos mercantes.

En 1854 se produjo la sublevación del expresidente Ramón Castilla contra José Rufino Echenique, y Morán, en comunicaciones con el caudillo civil de la revolución Domingo Elías, habíase dirigido a Lima para unírsele, pero cuando se encontraba en dicha ciudad el presidente Echenique lo ganó a su causa ofreciéndole hacer reconocer por el congreso sus grados de general de División y Brigada.

Acompañado por el general Manuel Ignacio de Vivanco, Morán intentó sin éxito tomar por asalto Arequipa.

[1]​ Refiere la tradición arequipeña que mientras Trinidad Morán era conducido al patíbulo por sus captores y acompañado por el pueblo empezó a sonar una marcha fúnebre, de autor anónimo.

Esta pieza bautizada como Marcha Morán ha sido desde entonces la melodía oficial que acompaña a los restos mortales de militares caídos y personajes célebres en su trayecto al sepulcro; siendo hasta hoy una de las marchas más antiguas y populares del ejército peruano.