Es la goleta "Sacramento", que se integra al esfuerzo independentista al ser capturada a los españoles por el contramaestre Victoriano Cárcamo y su hermano, el carpintero y guardián Andrés Cárcamo.

Los gobernantes españoles, se preocuparon por dar educación integral a jóvenes marinos, que después serían pilotos civiles, para lo cual se dispuso profesores, locales, instrumental y prácticas a bordo de los buques.

La primera ceremonia de clausura se realiza en 1831, y al año siguiente la Escuela Central de Marina y el Colegio Militar se fusionan, durante el gobierno del general Agustín Gamarra.

En 1856, la fragata "Amazonas" se constituye en el primer buque escuela americano en dar la vuelta al mundo, navegación que se hace posible bajo la dirección de Eduardo Carrasco, primero y de Juan José Panizo y Talamantes, luego.

Ningún buque peruano fue hundido por acción directa de la escuadra chilena en esta guerra.

Sin embargo es cierto que luego de la guerra el poder naval del Perú se vio disminuido enormemente.

El pontón Perú retoma su protagonismo (cesadas sus actividades como lazareto), entre 1900 a 1907, año en que colapsó esta nave.

El transporte Iquitos acoge a la Escuela Naval durante un año (1908 a 1909) y ejerce la dirección por primera vez Ernesto Caballero y Lastres, quien la retomaría nueve años después.

Al edificio fundacional del año 1912, se agregaron sucesivamente el edificio "San Martín" en 1928 y diez años después, el "Guise" y otros más, hasta formalizar la Escuela en la década de 1950 un paisaje urbano conservador, con edificaciones que se correspondían con cierto afrancesamiento muy en boga en la primera década del siglo XX.

En esa década, se demolieron los antiguos edificios "San Martín", "Guise" y "Grau".