Cuando se inició la Guerra del Pacífico, la Covadonga estaba artillada con dos cañones Armstrong de 70 lb.

La goleta Covadonga sirvió como embarcación auxiliar a la flota española del Pacífico.

La Covadonga se reencontró con las otras naves en el Callao y le fue ordenado recoger a los vascongados refugiados después del Incidente de Talambo, luego navegó hasta Panamá, nuevamente, para traer al nuevo representante español en Perú, Eusebio Salazar y Mazarredo.

Su captura motivó el suicidio del almirante español José Manuel Pareja.

Participó, ya con bandera chilena, en el combate naval de Abtao.

Ese mismo día consiguió que la fragata blindada peruana Independencia quedese embarrancada e inutilizada mientras la perseguía en el denominado combate naval de Punta Gruesa.

Tras el inicio del combate naval de Iquique, la Covadonga se dirigió hasta el sur, específicamente a Punta Gruesa, para huir del poderoso blindado peruano.

La atractiva embarcación de recreo era un cebo explosivo preparada en Ancón por la brigada torpedera peruana apostada en Chancay al mando del teniente Decio Oyague Neyra.

[4]​ A las 3:40 p. m. todavía quedaba el atractivo bote a flote, por lo que el capitán Pablo de Ferrari, comandante de la Covadonga, mandó a examinarlo y hundirlo; pero al revisarlo y no encontrar explosivos se cambió la orden y se procedió a remolcarlo hacia la popa de la goleta y mientras se izaba la embarcación, esta explosionó al costado estribor de la Covadonga provocando su rápido hundimiento.

Fueron hechos prisioneros por los peruanos 48 sobrevivientes[4]​ y otros 29 se salvaron en un bote que llegó hasta Ancón a las 10 p. m., siendo recogidos por la cañonera chilena Pilcomayo.

En 1959 la Capitanía de Puerto del Callao autorizó a Diego Cordero y Alfredo Biffi para extraer objetos que aún pudieran existir, los mismos que luego fueron entregados en mayo del mismo año al Museo Naval del Perú sede Callao para su restauración y exhibición.

Entre los mismos se encontraban dos cañones y el cabrestante de la nave chilena.