Tras las batallas de Los Ángeles y de Tacna, la batalla por el puerto de Arica enfrentó a las fuerzas peruanas bajo el mando del coronel Francisco Bolognesi que quedaban en la ciudad, aisladas por tierra y sin hinterland, con dos columnas chilenas bajo el mando del coronel Pedro Lagos.El monitor peruano Manco Cápac fue hundido por su tripulación tras la derrota de sus fuerzas terrestres.[8] Según Jorge Basadre, Bolognesi confiaba en recibir apoyo desde Arequipa, pero tanto Lizardo Montero como Pedro Alejandrino del Solar aseguraron haber intentado transmitirle la orden de destruir los fuertes y retirarse al norte, pero esta no llegó hasta el puerto.[10] De esa manera, las fuerzas peruanas en Arica quedaron aisladas por tierra y bloqueadas por mar.Más tarde, ese mismo día parte la primera locomotora con tropas chilenas al valle de Lluta para organizar el campamento.Estas minas estaban conectadas con cables eléctricos que se hacían explotar desde el Hospital de Arica.Esto causó indignación en los soldados, y la intervención del ingeniero Orrego, ayudante de Pedro Lagos, evitó que fueran fusilados en el acto.En la tarde del mismo día miércoles comenzaron a llegar las fuerzas chilenas por ferrocarril, ocupando Chacalluta y el valle de Azapa.Acampados en la ribera norte del Río Azufre, los destacamentos tomaron contacto con la flota que aún bloqueaba Iquique.[14] La línea férrea, que había sido parcialmente inutilizada por los aliados, fue reparada por los pontoneros chilenos y se envió más caballería a la zona.Se entabló el siguiente diálogo: Bolognesi consultó su decisión con sus oficiales frente a Salvo; la propuesta de rendición fue rechazada.Los quince oficiales que acompañaron al coronel Francisco Bolognesi el 5 de junio de 1880 eran José Joaquín Inclán, Justo Arias y Aragüez, Marcelino Varela, Alfonso Ugarte, Juan Guillermo Moore Ruiz, Manuel J. La Torre, Ramón Zavala, Francisco Cornejo, Benigno Cornejo, Francisco Chocano, Mariano Bustamante, Juan Pablo Ayllón, Roque Sáenz Peña (argentino) y José Sánchez Lagomarsino.El enfrentamiento entre la artillería chilena y las baterías peruanas se prolongó hasta las 13:00 horas sin obtener resultados para ambos bandos.En efecto, el Contralmirante Lizardo Montero, en sus memorias sobre la Batalla de Arica confirmó que envió al Coronel (Cubano) Pacheco De Céspedes con un mensaje para Bolognesi, en el que le dispuso: “Se destruya los cañones y cuanto elemento hay en Arica y salve los hombres que allí tiene para pasar ese Ejército a Moquegua y unirlos al Coronel Leiva”, sin embargo aquel mensaje jamás sería recibido.La batería peruana San José atacó, sin resultados, al regimiento Lautaro y a una compañía del regimiento Buin 1.º de Línea, que había llegado a los restos del naufragado buque Wateree por el Norte practicando un reconocimiento.Los disparos chilenos fueron: artillería de tierra, 186; Cochrane, 19; Magallanes, 28; Covadonga, 27; y Loa, 12, totalizando 272.En la tarde del 6 de junio, el coronel chileno Pedro Lagos envió al ingeniero peruano Teodoro Elmore, quien estaba prisionero, para que hablara con el coronel Bolognesi y pedirle la rendición.Los movimientos de las fuerzas chilenas hacia las baterías del este empezaron a las 5:00 horas.La resistencia peruana en este frente fue poco enérgica ya que sus defensores dejaron de hacer fuego y se retiraron al morro, no sin antes volar las Baterías San José, 2 de Mayo y Santa Rosa.El Buin les seguía un poco más atrás, pero no lograría participar en las acciones.Medio batallón del Iquique Nº 33 y otro medio batallón del Tarapacá Nº 23 quedaron también en Cerro Gordo intentando resistir el ataque chileno mientras el resto subió al Morro.Una vez en la cima del Morro los atacantes, enfurecidos por el uso de minas que consideraban formas desleales de combate, desataron un feroz ataque sin dar cuartel a los defensores y que solo difícilmente pudo ser contenido por los oficiales chilenos.La fase final del asalto se realizó en 55 minutos, esto es, considerando desde la captura del Reducto Morro Gordo a las 07:00 AM, y la finalización completa de la batalla en el Reducto El Morro a las 07:55 AM.La lancha torpedera Alianza rompió el bloqueo y logró escapar al norte.
Fotografía del Morro y de la ciudad de Arica en 1879, vistas desde el fuerte San José, ubicado al norte de la ciudad.
