La misión no era solo el bloqueo del Callao, sino también torpedear a la corbeta peruana Unión aprovechando la oscuridad.

Las lanchas torpederas Janequeo y Guacolda navegaron hacia la bahía del Callao, escoltados por el monitor Huáscar, para torpedear a la corbeta Unión.

El contraalmirante Galvarino Riveros decidió efectuar un reconocimiento de las defensas del Callao, para lo que ordenó un bombardeo.

Debido a esto, el contraalmirante Riveros decidió realizar un bombardeo al Callao más serio que el anterior.

Los buques chilenos realizaron 418 disparos, la tercera parte de ellos por el Huáscar, y no sufrieron daños.

La Independencia logró hacer un tiro más con su cañón, tras lo que se encontró en grave desventaja en medio de dos fuegos.

Cuando la Janequeo embistió a la Independencia por la aleta de babor, quedó atracada al costado, aprovechando Ugarte para lanzar con sus brazos el torpedo sobre la cubierta enemiga al tiempo que -para evitar la posibilidad de que los chilenos cortaran o apagaran la mecha- Gálvez, quien esperaba listo, disparó 2 tiros con su carabina Winchester sobre el torpedo, y lo hicieron volar.

El Jefe de Ronda peruano, el teniente Alejandro Roldán, zarpó al segundo tiroteo con las lanchas Urcos y Arno, disparando esta última sobre la Guacolda en su retirada.

Luego de pasado el desconcierto, la chilena Guacolda capturó a Gálvez junto con otros 6 náufragos peruanos, quienes fueron llevados al blindado Blanco Encalada; otros 6 se salvaron por su propia cuenta y murieron el guardiamarina San Martín, el timonel francés Gauden y el practicante de medicina Ugarte.

El 29 de junio también llegó al Callao la lancha torpedera chilena Fresia, que reemplazaba a la hundida Janequeo.

Un buque chileno disparó al muelle Dársena, siendo respondido por tiros de las baterías ahí ubicadas.

Para vengar el hundimiento del Loa, el contraalmirante Riveros determinó que el transporte Angamos, aprovechando su cañón de largo alcance, bombardeara el Callao.

El bombardeo terminó porque la lancha Urcos se aceró a dispararle, ante lo cual el Angamos, al mando del capitán Luis Lynch, decidió retirarse por no poder acertarle.

Los peruanos Manuel Cuadros y Constantino Negreiros preparaban con 350 kilogramos de dinamita una mina para hundir a otro buque chileno.

El hundimiento causó consternación en Chile y se exigió al gobierno tomar represalias contra el Perú.

Inmediatamente, los buques peruanos atacaron al Princesa Luisa y luego se retiraron con toda la fuerza de desembarco.

La lancha torpedera Fresia, al mando del teniente Amengual, atacó con su torpedos de botalón a las peruanas varias veces; cuando embistió a la Urcos y le puso el torpedo en la aleta de babor, este no explosionó y al virar la Urcos, le rompió el botalón.

El blindado Cochrane, al mando del capitán de navío Juan José Latorre, fue comisionado a bombardear Chorrillos.

Las baterías peruanas dispararon contra el Cochrane y un tiro impactó en su popa sin ocasionar daños.

El Blanco Encalada bombardeó Ancón el 24 de septiembre y la Pilcomayo, Chancay, ambos sobre la población, pero sin ocasionar incendio alguno como era su propósito.

En octubre, el contraalmirante Riveros viajó a Arica y dejó como Comandante del Bloqueo al capitán Latorre.

Guzmán y Valle dispuso de una lancha grande que se hundiera bajo la superficie con lastres.

El combate se generalizó cuando las baterías peruanas abrieron fuego sobre las torpederas chilenas, que empezaron a retirarse.

El 9 de diciembre se inició el bombardeo, acertando el Angamos un tiro en la corbeta Unión, pero sin ocasionar daños.

La República, que no había sido comisionada antes por defectos en su máquina, fue trasladada por ferrocarril a Ancón.

Al amanecer del 4 de enero, las embarcaciones chilenas Toltén y Fresia dispararon sobre la lancha República, retirándose después.

Al amanecer del 5, el Toltén y la Princesa Luisa atacaron Ancón, pero la neblina obligó suspender el bombardeo hasta las 11 a. m. Cuando se reinició el bombardeo, fue contestado por fuego de una batería rodante[22]​ llegada desde Miraflores al mando del capitán de fragata Leandro Mariátegui.

Los buques chilenos se retiraron cuando juzgaron que la torpedera peruana había recibido el suficiente daño.

La lancha Arno logró escapar hasta Chancay, pero no se supo más de ella.

Los cañones de gran calibre que no fueron destruidos o al menos enterrados bajo tierra fueron llevados a Chile en los meses siguientes.