En 1820 se unió al ejército patriota del general José de San Martín, cuando la expedición libertadora arribó a costas peruanas.
Se distinguió en los combates librados en la rada de Guayaquil hasta lograr la capitulación del puerto en 1829.
En 1835 apoyó al general Felipe Santiago Salaverry en la guerra contra Andrés de Santa Cruz.
En 1853 fue enviado a Estados Unidos por el presidente José Rufino Echenique para supervisar la construcción de los vapores fluviales Tirado y Huallaga, con los cuales retornó vía la desembocadura del río Amazonas en 1854, dedicándose a las labores de exploración en la amazonía peruana.
Se reincorporó a la marina al producirse la presencia agresiva de la Escuadra Española del Pacífico en las costas peruanas.
Villar fue declarado por el gobierno peruano “Benemérito de la Patria en grado heroico y eminente”.