Con este grado, y embarcado en la fragata Lealtad, participó en los combates contra las fuerzas rebeldes durante la Primera Guerra Carlista.

Poco tiempo después cruzó a la isla de Cuba, donde se le dio el mando del pailebote Teresita, con el que llevó a cabo diferentes servicios por las aguas del Caribe.

Volvió a la península y recibió el mando del vapor Colón, efectuando servicios por el Mediterráneo.

Se le asignó posteriormente el mando del navío Reina doña Isabel II, siendo ascendido a brigadier.

Pareja negoció un tratado, que se denominó Tratado de Vivanco-Pareja, por el que España devolvía las islas Chinchas y Perú saludaría al pabellón español, reconocía al comisario enviado por la Reina, Eusebio Salazar y Mazarredo, y pagaría 3 millones de pesos en indemnización.

El Gobierno aprobó dicho tratado y le ascendió ese mismo año a teniente general de la Armada.

Resultó muerto el cabo de mar Esteban Fradera, que al verse rodeado se defendió y con su cuchillo logró matar a tres violentos y herir a otros siete, pero la multitud se le echó encima causándole la muerte.

El general Pareja pidió las debidas explicaciones, que fueron dadas por el gobierno del Perú, castigando a los culpables y dando una indemnización de 6000 pesos fuertes a los familiares del cabo Fradera.

Puesto en conocimiento del Gobierno, éste destituyó a Tavira y nombró al general Pareja como plenipotenciario también en Chile.

Todos los buques del mando inmediato del general fueron llegando a Valparaíso; el buque insignia lo realizó el mismo día en que en Chile se celebraba la fiesta de la independencia.