Tomás Katari fue apresado y, mientras era conducido para ser juzgado, fue asesinado lanzándolo por un barranco.
El crimen contra Tomas Katari adelantó los planes insurreccionales de Tupac Amaru, pero Julián Apaza esperó a que madurara su movimiento y formó un ejército de 40.000 hombres.
Invadió Puno y puso sitio a la ciudad de Chuquiago (hoy La Paz) dos veces.
Andrés Túpac Amaru, hermano del líder quechua, que había asumido la dirección del movimiento después de la captura y ejecución de Túpac Amaru, se unió a Túpac Katari en el segundo cerco a La Paz, para maniobras políticas y militares, así como líderes originarios contrarios al levantamiento acabaron con el mismo.
Los sublevados estuvieron a punto de tomar La Paz, que resistió sacrificadamente el sitio bajo la dirección del intendente Segurola.
En esas circunstancias, un mes y medio después, se creó la Junta Tuitiva, liderada por Pedro Domingo Murillo.
Estos hechos sirvieron como elemento detonante para que en Buenos Aires destituyeran al virrey en 1810 y constituyera un gobierno formado mayoritariamente por criollos, para gobernar en nombre de Fernando VII y a la vez que se establecían juntas de autogobierno en diferentes ciudades del Alto Perú y del resto de Hispanoamérica.
Cometió también la imprudencia de mostrar una actitud antireligiosa frente a poblaciones profundamente religiosas y finalmente detuvo la persecución de las fuerzas realistas dándoles tiempo a su reorganización.
Juan Manuel Cáceres inició una revuelta en La Paz, pero fue derrotada por tropas indígenas.
Fracasada la intervención militar de los tres Ejércitos Auxiliares, Pezuela, el comandante realista que logró derrotar a Rondeau, ante la súbita aparición de grupos guerrilleros en casi todo el territorio del Alto Perú, organizó una cruenta arremetida entre los años 1815 y 1816, logrando paralizar prácticamente toda la actividad subversiva y dando muerte a sus principales líderes como Padilla, quien cayo heroicamente en El Villar bajo la espada del comandante realista Aguilera.
Los jefes realistas, Canterac, Carratalá, Váldés y La Serna, reunidos en el Cuzco decidieron reorganizar sus fuerzas y salir al encuentro de los vencedores de Junín.
Efectivamente, en la tercera semana de enero el ejército vencedor en Ayacucho continuó del Cuzco hacia Puno, llevando siempre como vanguardia a la División Peruana, confiada en esta oportunidad al Coronel O'Connor, menos el batallón núm.
3 del Perú, que se quedó de guarnición en el Cuzco.
Mediante un decreto se determinó que el nuevo estado llevaría el nombre de Bolívar, en homenaje a este personaje, quien a la vez fue designado "Padre de la República y Jefe Supremo del Estado".