[2]​ Siguiendo esta lógica, los revolucionarios de Buenos Aires enviaron un Ejército Auxiliar para expandir su causa en las provincias internas del virreinato.

Esta última victoria tuvo como consecuencia que las tropas de Goyeneche se replegaran tras el río Desaguadero, límite con el Virreinato del Perú.

Tras su victoria en la batalla de Huaqui, Goyeneche retrocedió a su campamento detrás del río Desaguadero para reorganizar las tropas.

Recién el 3 de julio se puso en marcha hacia el sur para pacificar el Alto Perú alzado en armas.

Mientras descendía la cuesta de las Tres Cruces, comenzó a recibir fuego desde unas lomadas donde se habían apostado los revolucionarios.

Tras breve lucha, los defensores abandonaron la posición y se replegaron a otra altura al otro lado del río Amiraya.

El ataque fue efectuado por tres columnas: Goyeneche al centro, Ramírez por la derecha y Tristán por la izquierda.

Los revolucionarios no cedieron y durante tres horas la batalla estuvo indecisa, hasta que finalmente los realistas quedaron dueños del poblado.

Goyeneche adelantó sus vanguardias hasta Tupiza, con el fin de buscar un enfrentamiento decisivo contra el Ejército Auxiliar, que finalmente no se dio.

Tras dos victorias importantes tenía el camino libre para avanzar contra Tucumán, no había más de 1000 rebeldes desmoralizados y mal armados para oponer resistencia.