Fue electo gobernador tras ocupar la capital, siendo así el primer gobernante de Santa Cruz como territorio oficialmente independiente del Imperio español, territorio que indirectamente seguía adscrito a las Provincias Unidas del Río de la Plata hasta la ocupación grancolombiana-altoperuana ocurrida a finales del mismo mes.
El cura José Antonio Medina, secundado por Manuel Antonio de Castro y Pedro Rodríguez, rechazó el convenio y detuvo a Morillo.
Siguió a Belgrano en su breve paso por la Banda Oriental en los comienzos de la ofensiva que culminaría en el Sitio de Montevideo (1811) y junto a Warnes en el Ejército del Norte en la Segunda expedición auxiliadora al Alto Perú.
Warnes dirigía a 300 hombres de caballería, Mercado a otros tantos en vanguardia y Arenales al resto, unos 400 hombres de infantería y artillería.
Iniciado el cruce del río Piraí por los realistas, Arenales atacó a la bayoneta en conjunto con la caballería de Warnes y Mercado que cargaron a la caballería enemiga y a la infantería que trataba de repasar el río.
[3] Tras la victoria Arenales marchó a Cochabamba y Warnes retomó Santa Cruz.
De vuelta Warnes en Santa Cruz, reasumió el mando como gobernador.
El general de los ejércitos realistas del Alto Perú, Juan Ramírez Orozco envió contra Santa Cruz al coronel Francisco Xavier de Aguilera, cruceño al igual que Mercado, quien había vencido y matado al líder guerrillero Manuel Ascensio Padilla.
Luego de vencer la resistencia en Vallegrande, avanzó hacia Santa Cruz.
Mercado arrolló a la caballería enemiga e inició su persecución mientras la infantería patriota se imponía gradualmente a la realista, hasta que un disparo derribó el caballo de Warnes y quedando el caudillo con su pierna aprisionada fue muerto, produciéndose la dispersión de los patriotas ante la muerte de su comandante.
En la plaza principal el pueblo proclamó la independencia y designó a Mercado como su primer Gobernador, pero al día siguiente el cabildo nombró a Juan Manuel Arias.