A principios de noviembre Goyeneche fue recibido pero la Audiencia se mantuvo en su posición.
Al haberlo aceptado el Virrey Liniers, la posición de la Audiencia desafiaba su autoridad.
Goyeneche llegó a amenazar con hacer detener al regente, lo que motivo una manifestación pública.
El fiscal López de Andreu elaboró el documento la mañana del 25, pero el presidente de la Audiencia fue advertido y en la tarde del 25 ordenó la detención de los oidores Ussoz y Ballesteros, del fiscal Andreu, de los cabildantes Manuel Zudáñez y Domingo Aníbarro y del abogado Jaime Zudáñez.
La población acudió a la Plaza Mayor mientras los principales se reunían nuevamente en la casa de José de la Iglesia, donde se resolvió enviar una nota al presidente Pizarro exigiendo la entrega del armamento existente en su residencia.
El Presidente ordenó abrir la puerta principal y dejó sacar los cañones solicitados, pero iniciada la entrega los manifestantes invadieron el recinto del palacio de gobierno por lo que la guardia disparo al aire a lo que se respondió con artillería.
García Pizarro se entregó a los oidores, y fue detenido en la Universidad.
El cura José Antonio Medina, secundado por Manuel Antonio de Castro y Pedro Rodríguez, rechazó el convenio y detuvo a Morillo.
El único hijo varón que tuvo con su esposa Casimira del Llano, que también se llamaba José, se enlistó en el ejército de José Manuel de Goyeneche cuando éste intervino las sublevaciones del Alto Perú en 1811.
Tenía 18 años y combatió valientemente en la Batalla de Huaqui, luego fue designado al regimiento de La Paz que comandaba el español Joaquín Revuelta.
José de la Iglesia sobreviviría incluso a la liberación del Perú.