El antiguo caudillo rebelde, Francisco del Rivero decidió atacar a los indios que rodeaban la ciudad y hacerlos retroceder temporalmente,[10]​luego continuó su viaje a Cochabamba.

En la región de Yungas se asaltaron varias haciendas mientras que en Tiquina toda la guarnición fue degollada.

En la región de Palca, asaltaron Cohoni donde fueron asesinados 3 españoles, ahí tomaron contacto con Bernardo Calderón quien había reunido hombres de Millocato, Huaricana y Guayguasi para hacer frente a los realistas.

Se cavaron trincheras en la ciudad para protegerla de un ataque inminente, se verificó que existían en almacenes reservas de arroz, azúcar, cecina, chuño y maíz principalmente.

El 14 de agosto Tristán envío a su mensajero con un despacho, pero éste regresó al poco tiempo anunciando que el camino al altiplano ya había sido cortado por los indígenas sublevados.

El 18 de agosto el gobernador Tristán salió de la ciudad con 50 fusileros y 40 hombres a caballo con dirección a la zona del Tejar, ahí dejó a los fusileros y continuó avanzando con la caballería, pronto se encontró con un grupo de indígenas que lo comenzaron a atacar, el gobernador tuvo que retroceder y fue cubierto por los fusileros que lograron dispersar el ataque.

Por la tarde las tropas de la ciudad lograron liberar ambos barrios y cuando retornaban a la ciudad amurallada tuvieron que enfrentar otro ataque por el cerro de Killi Killi, el teniente Manuel Pérez y otros soldados lograron rechazar este ataque y se pusieron en persecución de los sublevados, pero su avance fue desordenado, lo que dio tiempo a los indígenas de reorganizarse y volver al ataque.

El día 19 se sepultó a Manuel Pérez en la catedral y no fue hasta el 22 que los sublevados volvieron al ataque, la defensa de la ciudad no daba abasto y los atacantes lograron quemar varias casas del barrio de San Sebastián.

El 31 la ciudad organizó un grupo para salir a recoger cebada en las fincas de Coscochaca (actual zona Garita de Lima), el grupo estaría escoltado por varios soldados a caballo.

Al día siguiente continuaba la pelea en este barrio, el capitán de negros, Dionisio Sotomayor, cayó herido.

Ese día más voluntarios se presentaron a defender la ciudad, la casa del finado Miguel Ignacio Zabala se convirtió en un nuevo cuartel, se nombró a Francisco Guerrero Oliden y a Luis Guerra como capitanes de este nuevo regimiento.

El mensaje estaba firmado por el comandante general Bernardo Calderón y los otros comandantes Julián Sullcalla, Manuel Collquehuanca, Eugenio Contreras, Xavier Bachaya y Simón Fernández.

Esa misma noche la ciudad fue atacada por todas las trincheras, la defensa fue bien organizada y tanto el gobernador como el comandante coordinaban la movilización de tropas a los lugares más atacados, al día siguiente los indígenas se retiraron a sus campamentos.

Por la tarde los centinelas de la ciudad vieron que los atacantes tenían nuevas trincheras construidas más cerca del barrio de Santa Bárbara, si lograban ubicar ahí su cañón podrían causar estragos en la defensa.

Esa noche los indígenas volvieron al ataque pero la ciudad pudo resistir una vez más.

Aprovechando la confusión indígena los prisioneros José María Cortinas y Francisco Palacios lograron escapar hacia la ciudad, ellos avisaron al gobernador que la ayuda estaba en camino, también lamentaron que los indígenas habían asesinado a garrotazos a otros 50 prisioneros.

Al día siguiente un nuevo ataque logró quemar otras casas en San Sebastián y los sublevados se apoderaron de las calles Ancha (actual Av.

El día 22 un pequeño grupo de sublevados se rindió ante los defensores de la ciudad, fueron llevados ante el gobernador donde dijeron que Casimiro Irusta fue enviado a combatir al ejército que iba en su auxilio.

En esos días el gobernador supo que estaba en la ciudad Aquilino Alarcón, oriundo de Larecaja, que tenía a su hermano Pedro combatiendo en el bando contrario, el gobernador le entregó dinero y le ordenó buscar a su hermano y meterlo a la ciudad para obtener noticias.

Alarcón regresó con su hermano y algunos hombres que afirmaron que el ejército de Benavente estaba en Huaqui y se dirigía a La Paz, además pidieron regresar al campamento indígena con papeles de recomendación del gobernador para que cuando Benavente llegase se unan a él.

Se perdieron muchas vidas aquella mañana, incluyendo mujeres y niños que cayeron prisioneros de los indígenas.

Por la tarde se vieron nuevos movimientos en los Altos de Potosí y de Lima, se creía que se preparaba un nuevo ataque, pero pronto llegó a la ciudad un hombre a caballo con bandera blanca, era Mateo Anco, el mensajero que el gobernador había enviado a Desaguadero el pasado 14 de agosto.

El Alto Perú quedaba según el historiador José Luis Roca García «temporalmente "pacificado"», es decir, incorporado al virreinato del Perú pero habían sido necesarios 20.000 hombres para lograrlo.

[18]​ La cuarta comenzó en 1823, el gobierno y control militar queda en manos del Ejército del Sur de Pedro Antonio Olañeta, mientras el mando realista se deshace hasta llegar a una guerra civil entre absolutistas y liberales.