No obstante, la denominada “Guerra doméstica” de 1824, que debilitó al ejército realista, no puede definirse como un enfrentamiento bélico entre generales con ideales absolutistas y constitucionales, sino como una coyuntura derivada de la propia restauración, utilizada por Olañeta para desvincularse de la autoridad política del Virrey del Perú.

La rebelión de Olañeta influyó notablemente en el ánimo y la moral de los bandos enfrentados: Las fuerzas que guarnecían el Alto Perú eran los 4000 soldados acantonados en Potosí al mando del mismo Olañeta y 1000 en Santa Cruz dirigidos por su subordinado, el comandante Francisco Javier Aguilera.

En la otra carta, se le informaba sobre el traslado del Consejo de Regencia a territorio francés debido al avance del general Francisco Javier Mina.

La Hera resistió refugiándose con sus fuerzas en la Casa de Moneda de Potosí, pero luego evitó el enfrentamiento entregando las tropas a Olañeta y partiendo hacia el Perú con los oficiales.

Valdés accedió a las exigencias de Olañeta y se convino que el brigadier Francisco Javier Aguilera (o el coronel Guillermo Marquiegui si aquel no podía) quedara como presidente de Charcas.

Le acompañaban los oficiales Carratalá, Valentín Ferraz, Cayetano Ameller, La Hera y Rafael Maroto.

Le comunicaba también que quedaba anulado el convenio de Tarapaya.

El 20 de junio Olañeta hizo conocer en Potosí un manifiesto redactado por su sobrino Casimiro:

La guarnición escapó hacia Oruro y el día 18 Barbarucho entró en la ciudad desprotegida.

Olañeta dispersó sus fuerzas en Tojo enviando a Barbarucho hacia en Suipacha con el Unión, al teniente coronel Carlos Medinaceli a Santiago de Cotagaita con el Cazadores y el Chichas, y al coronel Francisco de Ostria con el regimiento de Dragones americanos a Cinti (hoy Camargo), mientras Olañeta con dos escuadrones de Tarija avanzó hacia la misma Tarija, entrando en la villa el 5 de agosto, tomando prisionero al comandante Diego Roldán y recuperando el escuadrón de 60 soldados desertado en San Lorenzo y dejados allí días antes por Valdés.

Valdés había emprendió un penoso viaje de 400 leguas en treinta y tantos días siendo alcanzado por Barbarucho con 360 hombres cerca del poblado de La Lava, en ese combate murió el jefe del Gerona Cayetano Ameller, pero Valdés consiguió una victoria decisiva.

Al amanecer del 17 de agosto Barbarucho fue hecho prisionero con todo su batallón y Jerónimo Valdés avanzó nuevamente hacia Chuquisaca.

Valdés le ofreció a Olañeta que quedase al mando del Alto Perú hasta el Desaguadero, que ambas partes liberasen a los oficiales prisioneros y que apostara 2000 infantes y 500 soldados de caballería en Cochabamba o La Paz para ponerlos a disposición del virrey, pues Simón Bolívar desde Huaraz avanzaba sobre Lima.

El 28 de agosto Valdés evacuó Chuquisaca, el día 30, Potosí, y en la primera semana de septiembre, Cochabamba y La Paz, mandando Olañeta a ocupar sucesivamente esas ciudades.

Este había desconocido la capitulación y asumido el cargo de virrey, por lo que solicitaba a Olañeta su cooperación.

Cuatro días más tarde, en un intento desesperado por resistir, Olañeta murió en la batalla del Tumusla, según algunas versiones asesinado por uno de sus soldados, otras versiones dicen que durante el combate se despeñó con su caballo.

Tras la desaparición del Trienio liberal y durante la Restauración absolutista en España, el rey Fernando VII nombró a Olañeta virrey del Río de la Plata, sin saber que este ya había fallecido.

[13]​ Este debió afrontar conflictos políticos con Riva Agüero y Torre Tagle, más propensos a pactar con La Serna a sus espaldas, e indisciplina militar como el motín del Callao, desencadenante de la pérdida temporal de Lima.

[14]​ Finalmente sería el Gran Mariscal Sucre el encargado de acabar con Olañeta y dar un término definitivo a quince años de guerra incesante.

[13]​ En los mensajes Bolívar y Sucre decían que como las fuerzas de Olañeta habían contribuido en la derrota de La Serna debían ser consideradas «como hermanas y libertadoras del Perú».