En la posterior represión fue ahorcado en la ciudad de La Paz.

Regresó a La Paz y fue elegido como Regidor perpetuo en el Cabildo de la ciudad.

En ese año se gestó en la ciudad un movimiento de carácter independentista que no llegó a estallar y que, por el grado en que se hallaban comprometidos importantes figuras de la sociedad paceña, fue mantenido en reserva por las autoridades.

Sagárnaga participó del movimiento liderado por Pedro Domingo Murillo como propagandista, escribiendo pasquines que, anónimos, aparecían luego en los muros de la ciudad.

Las propiedades de Juan Bautista Sagárnaga fueron confiscadas dejando a la viuda Isabel con dos niños pequeños, fueron acogidos por la familia Calderón de la Barca.