Es parte de lo que fuera en Conjunto Conventual San Francisco que ocupara inicialmente dos manzanos del barrio de San Francisco.
El único acceso re realiza mediante unas escalinatas que se encuentran frente a retablo principal.
Al final del descenso los primeros restos que se aprecian son los de Diego de Baena y Antipara, ubicado en un promontorio al lado izquierdo de las escaleras y frente a la entrada a la Cripta.
La administración de entonces aceptó la donación, por lo que sus restos aún yacen en el lugar.
Frente de la entrada principal, presidiendo las urnas mortuorias, se encuentra la virgen del Carmen.