Se casó con Antonia Petrona Francisca Blancader Canizares, y tuvo con ella seis hijos, María (1790), Josefa Basilia (1802), Pedro José Bonifacio (1804), José Agustín (1805), Manuela Joseta (1807) y Miguel Gregorio (1810).
Tras la Revolución de Chuquisaca se iniciaron en La Paz reuniones tendientes a efectuar en la ciudad un movimiento aún más radical, a las que Buenaventura Bueno se integró desde sus comienzos siendo prevista su designación como uno de los futuros representantes del pueblo.
Se nombraron después otros vocales suplentes o ciudadanos agregados: Sebastián Arrieta (tesorero), Dr. Antonio Ávila, Francisco Diego Palacios y José María Santos Rubio (comerciantes), Buenaventura Bueno y Francisco Javier Iturres Patiño (sochantre[2]).
Su cadáver, que estuvo por siete horas en el cadalso, fue enterrado en el Templo Santo Domingo.
Era poco usual que las mujeres conocieran esta lengua, y aunque resultaba mal visto que una mujer de buena posición se dedicase a la enseñanza, ella lo hizo para evitar la ruina financiera.