Este templo fue fundado el año 1590 por el vicario general Fray Cristóbal Rodríguez y formaba parte del convento de Santo Domingo.

Actualmente solo permanece el templo, habiendo pasado la edificación del convento a utilizarse por el Colegio Ayacucho.

[1]​ El altar mayor que data del siglo XVIII fue trasladado a la iglesia de Coroico en el siglo XIX.

Desde 1826 el templo hizo de catedral de la ciudad hasta principios del siglo XX, la campana más grande del campanario perteneció alguna vez a la Templo de la Merced.

La restauración más reciente del templo fue llevada a cabo a finales de los años noventa, bajo la dirección del entonces párroco Monseñor Luis Camacho Hidalgo.