Arenales se convirtió en dirigente contra el gobierno colonial y Comandante de las milicias que organizó.Sofocada la insurrección por parte del monárquico Vicente Nieto, sus tropas se dispersaron y fue arrestado.Arenales huyó y se presentó ante Belgrano, quien le reconoció el grado de coronel.Durante la Segunda expedición auxiliadora al Alto Perú Arenales subió al Alto Perú y fue nombrado gobernador de Cochabamba y "comandante general de las tropas del interior"[5].Logró tomar varias provincias para los patriotas: Ica, Huamanga, Huánuco, Huancavelica y Pasco.La última resistencia en esa zona fue la de algunas guerrillas dirigidas por el futuro caudillo mendocino José Félix Aldao, pero finalmente tuvo también que retirarse.Por todos sus servicios a la causa independentista fue gratificado con el rango de Gran Mariscal.Para seguir organizando estas tropas pidió ayuda al senado peruano en forma un tanto descomedida y fue sancionado.Al año siguiente hizo una última campaña al Alto Perú, esperando luchar contra el último reducto realista en esas provincias; pero el general realista Pedro de Olañeta murió asesinado por sus propios soldados, y en definitiva Arenales no logró nada: incluso fracasó en reincorporar a su provincia (Salta) la región de Tarija, que había sido parte de la misma.Los federales se oponían a su gobierno, y lo acusaban de querer perpetuarse en la gobernación.Falleció en la localidad de Moraya, Bolivia, en 1831, en la casa del coronel José Manuel Pizarro.No permitía que nadie lo tratara con familiaridad y creía al pie de la letra en las jerarquías militares.
