El Estado del Alto Perú y su sucesor, República de Bolívar, estuvieron vinculado a los órganos políticos del Perú, esto por decisiones de Bolívar.

Entre 1811 y 1825, se organizaron grupos revolucionarios denominados en la historiografía boliviana como republiquetas, entre estas; las republiquetas de Larecaja y Ayopaya encabezadas por José Miguel Lanza, y por otro lado las republiquetas de Santa Cruz, Vallegrande, La Laguna, Cinti, Porco-Chayanta y otros grupos guerrilleros que estaban adscritos a las Provincias Unidas del Río de la Plata.

En este periodo la región del Alto Perú, se dividió en dos bandos, patriotas y realistas; los patriotas adscritos a estado rioplatense se identificaban por una bandera formada por dos franjas de color azul y blanco, mientras que los patriotas encabezados por Lanza se identificaban con la bandera de la Junta Tuitiva, por otro lado los realistas se identificaban con una bandera igualmente de dos franjas cuyos colores eran la rojigualda.

Sin embargo, todavía defendía la corona de España, el general Pedro Antonio Olañeta a quién el general Sucre, mediante el emisario Elizalde, le propuso que desistiese de tal propósito y una vez reconocida la independencia por las autoridades españolas, las provincias podrían quedar bajo su autoridad; pero tal propuesta fue rechazada por Olañeta y pidió un armisticio de cuarenta días, lo que el general Antonio José de Sucre rechazó enérgicamente.

Sucre designa en marzo al coronel Pedro Arraya encabezar una pequeña vanguardia de observación, para seguir el rumbo de Pedro Olañeta, quien se refugia provisionalmente en Oruro, y parte rápidamente hacia Potosí, luego Arraya sigue su rastro, y después el Ejército Libertador entra el día 18 en Oruro.

Pedro Olañeta estando en Potosí para refugiarse del ejército enemigo, que era más numeroso que el suyo, se marchó por la tarde del día 27 –o 28–, el mismo día por la media noche, el coronel Arraya al mando de la vanguardia de un centenar de hombres ocupó la ciudad de Potosí, acampó en la plaza mayor a la espera del coronel O'Connor que comandaba el Ejército Libertador.

Medinaceli a la cabeza del Batallón Chichas, por la tarde del 1 de abril, defendió sus declaraciones tomadas, procediendo al combate de sublevación contra su antiguo superior, el combate duró cuatro horas, en donde cayó Olañeta gravemente herido, falleciendo al día siguiente, y dio fin al poderío realistas.

Siendo que en 1810, tras la independencia del Río de la Plata, el Virrey Abascal anexó las provincias del Alto Perú al Virreinato del Perú; y posteriormente mediante la Capitulación de Ayacucho se reconoce el nacimiento del Perú como Estado independiente, quedó en manos del congreso peruano definir los límites de su República para no entrar en conflicto con el Río de la Plata, por la polémica de a que Estado le pertenecía las provincias altoperuanas.

El 23 de febrero de 1825, el Congreso del Perú reconoce el derecho de las provincias altoperuanas para erigirse en Estado independiente, con la condición que indemnicen al Perú, por los gastos económicos que este último realizó durante la ocupación militar del Ejército Libertador conformado por grancolobianos y peruanos al mando del Mariscal Sucre.

Las cinco provincias que conformaban el Alto Perú eran: La Paz, Charcas, Potosí, Cochabamba y Santa Cruz; El 29 de enero de 1825, Antonio José de Sucre modificó la organización territorial, estableciendo que las denominadas provincias fuesen convertidas en departamentos, divididas en provincias y estas en cantones; además que se renombró a Charcas como Chuquisaca, las demás entidades territoriales conservaron sus nombres.

En todo caso, estas proclamaciones nunca fueron reconocidas ni por otros gobernadores y menos aún por la comunidad internacional.

Posteriormente la Provincia de Santa Cruz de la Sierra eligiría dos representantes para que participen en la Asamblea deliberante del Alto Perú: Antonio Vicente Seoane y Vicente Caballero.

Durante la guerra del Brasil, las Provincias Unidas del Río de la Plata comenzaron a temer que las tropas brasileras pudieran vencer a las rioplatenses, debido a esto, durante los primeros meses de guerra el general Carlos María de Alvear empezó a intercambiar correspondencia con Antonio José de Sucre, quien en aquel entonces era gobernante del Alto Perú, un plan para invadir el Imperio del Brasil, causando una guerra entre la Gran Colombia y sus Estados satélites (Perú y Alto Perú) contra Brasil, para que la Gran Colombia se anexase territorios brasileros del norte, y el Río de la Plata territorios brasileros del sur, y el resto del Brasil dividirlo en repúblicas; es así, que los brasileros no tardaron mucho al enterarse del intercambio de cartas entre Alvear y Sucre.

Aunque el emperador Pedro I no le dio mucha importancia, el gobernador del Estado brasileño de Mato Grosso, Manuel Alves de Acuña irritado por la posible alianza entre grancolombianos y rioplatenses, organizó sin el permiso del emperador un expedición militar al Alto Perú, con la finalidad de hacer una demostración del poder militar del Brasil e intimidar a la Gran Colombia y garantizar la neutralidad de este último.

Al enterarse de esto Sucre movilizó a su ejército grancolombiano y le envió una carta a Araujo, dándole un ultimátum notificándole que una agresión al Alto Perú desencadenaría una guerra entre la Gran Colobia y el Imperio del Brasil.

Simón Bolívar aceptó las disculpas y se comprometió a mantener la neutralidad durante el conflicto.

Es así que Antonio José de Sucre, como gobernante del Alto Perú, envió al coronel Francisco Burdett O'Connor y a Bernardo Trigo Espejo desde Tupiza al frente de las tropas grancolombianas leales al Alto Perú a invadir Tarija.

El acta de independencia, redactada por el presidente del Congreso, José Mariano Serrano, en su parte expositiva dice en tono vibrante:

Posteriormente el 11 de agosto, se debatió sobre la denominación oficial del nuevo Estado; y, se determinó que se llamaría República Bolívar, esto en honor el Libertador Simón Bolívar, y por las mismas intenciones de la sesión del 5 de agosto.