Luego de hacerse cargo del mismo, se puso a organizar la que sería la tercera campaña al Alto Perú.
Otra consecuencia fue que: En diciembre de 1814, aprovechando la inactividad del enemigo, la vanguardia del ejército auxiliar, al mando de Güemes, avanzó hasta Humahuaca y estableció un batallón en Yavi.
Al mismo tiempo dos escuadrones de Olañeta volvieron a ocupar Tarija.
Inmediatamente después Rondeau avanzó sobre Yavi, en donde se hallaba Olañeta, pero este evacuó el lugar.
Güemes, enemistado con Rondeau, abandonó las filas del ejército junto con sus gauchos y se retiró hacia Salta, llevándose consigo el parque del ejército que se encontraba en Jujuy.
Apenas llegado a Salta, fue elegido gobernador de la provincia, en un acto que significaba una insubordinación contra el director del Estado, pues iniciaba la autonomía política de esa provincia.
Los evacuados se reunieron en Paria con una fuerza de 300 hombres enviada por Pezuela desde Challapata y permanecieron allí.
Esta victoria se festejó en muchas ciudades con te-deums de agradecimiento, hecho notable, según Mitre, que no ocurría desde "la victoria de Felipe II en San Quintín contra los franceses".
Al día siguiente Olañeta comenzó la persecución de Rondeau, quien tomó rumbo a Cinti y Tupiza hacia Humahuaca.
El 16 de diciembre Olañeta (ascendido a brigadier) ingresó en Potosí, evacuada por sus 60 defensores.
Pocos días después de entrar Pezuela en Cochabamba, destacó al coronel Aguilera hacia Vallegrande con el Batallón Fernando VII, para aumentar sus fuerzas y continuar hacia Santa Cruz de la Sierra.
Continuó luego hacia Suipacha dejando 250 hombres en Salo que fueron derrotados completamente por Olañeta unos días después, por lo que Rondeau se replegó hacia Jujuy mientras la vanguardia realista ocupaba Suipacha.
Desde Buenos Aires le fueron remitidos 2000 hombres a Rondeau, quien con 1000 de ellos pudo sostenerse en Jujuy.
El 9 de febrero Padilla atacó Chuquisaca, pero fue rechazado por el general José Santos La Hera.
Rondeau recibió la orden de retirarse a Tucumán, el ejército, casi devastado, marchó durante nueve meses pasando por Potosí y Humahuaca hasta llegar a Tucumán.
En su huida, el Ejército solo pudo rehacer sus filas en el límite norte de la actual Argentina.
Desde allí se propuso vengar la afrenta de Güemes, a quien Rondeau había declarado traidor y desertor.
En este se le encargaba la defensa de la frontera norte del país al gobernador salteño.
Miguel Tacón fue destacado hacia Chuquisaca como presidente de Charcas, para contener a Padilla.