Pero, al caer el sector que respondía a Cornelio Saavedra, fue apartado del mando militar.

[6]​ En 1815 el director Supremo Ignacio Álvarez Thomas lo destinó al Ejército del Norte.

[2]​ En 1819 el gobierno de Buenos Aires intentó quebrar una vez más la Liga Federal y lanzó una campaña contra López.

[10]​ La última orden militar de Belgrano fue marchar sobre el santafesino López, enviando al Ejército del Norte al mando del entonces coronel mayor Francisco Fernández de la Cruz, llevando como segundo jefe a Bustos.

[cita requerida] Habiendo adherido ya los caudillos federales, procuró estrechar relaciones con el resto del país.

Bustos se reconcilió con López, y participó en una corta guerra civil contra el caudillo entrerriano Francisco Ramírez y contra el chileno José Miguel Carrera, a quien derrotó en Cruz Alta.

[17]​ Tampoco pudo enviar mucha ayuda a la provincia de Salta, la única que seguía combatiendo contra los realistas.

[18]​ Su base política en Córdoba eran la población rural, algunos sectores ganaderos, el bajo clero y grupos que habían formado parte del artiguismo.

Bustos ordenó destituir a los representantes cordobeses que habían apoyado la política unitaria en el Congreso General de 1824, y —como todos los gobiernos provinciales excepto dos— se negó a aceptar la Constitución de 1826.

[24]​ Para evitar el avance centralista de Buenos Aires, Bustos se acercó a Facundo Quiroga.

Negoció con Paz una tregua, delegó el mando provincial en este y pretendió firmar un acuerdo para convocar a elecciones, en que los dos generales quedarían impedidos de participar.

[28]​ Mientras tanto, Bustos intentaba ganar tiempo para permitir la llegada de Facundo Quiroga, que marchaba desde La Rioja en su ayuda.

[30]​ Bustos escapó hacia La Rioja para solicitar la ayuda de Quiroga; este organizó una fuerza para enfrentar a Paz con tropas de su provincia y milicias cordobesas comandadas por el propio Bustos.

El ejército comandado por Paz, numéricamente inferior pero mucho más disciplinado, mejor pertrechado y con abrumadora superioridad de artillería y —sobre todo— dirigido por un extraordinario táctico-estratega, derrotó a las fuerzas de Quiroga.

Allí fue acogido por Estanislao López, que lo recibió cordialmente y le procuró todo tipo de cuidados.